除了分析基因表达水平,RNA-Seq还能发现新的转录本、SNP、剪接变体,并提供等位基因特异的基因表达。 RNA-Seq的动态范围更广,且假阳性可能更小,这意味着RNA-Seq的数据重复性应当比芯片要高。RNA-Seq能够检测样品中的所有RNA,这对于鉴定细胞的新颖转录本来说是个优点,但同时缺点在于,它检测了总的RNA,而细胞中很大一...
RNA-Seq可进行全基因组水平的基因表达差异研究,具有定量更准确、可重复性更高、检测范围更广、分析更可靠等特点。除了分析基因表达水平,RNA-Seq还能发现新的转录本、SNP、剪接变体,并提供等位基因特异的基因表达。 RNA-Seq的动态范围更广,且假阳性可能更小,这意味着RNA-Seq的数据重复性应当比芯片要高。RNA-Seq能够...
mainChrSeqSet 现在我们有了一个 DNAStringSet 对象，我们可以使用 writeXStringSet 来创建我们的 FASTA...
ChIP-seq数据分析时容易受到一些伪信号的基因组区域的干扰。为了从ChIP-seq信号中屏蔽掉这些干扰信息，研...
RNA-Seq 的动态范围更广,且假阳性可能更 小,这意味着 RNA-Seq 的数据重复性应当比芯片 要高.RNA-Seq 能够检测样品中的所有 RNA,这 对于鉴定细胞的新颖转录本来说是个优点,但同时 缺点在于,它检测了总的 RNA,而细胞中很大一 部分 RNA 都来自核糖体和线粒体.这限制了其他 RNA 的读取数量以及这些 RNA 表达...
rnaseq是看表达的，chipseq是看蛋白在dna上的结合位点的，硬要说优点的话rna富集可能要容易些 ...
(1)CHIP-seq的主要技术类型 ① 交联染色质免疫沉淀的 ChIP 方案 (crosslinking/X-ChIP) 采用甲醛交联,固定DNA与蛋白的结合 结合稳固,不易脱落(可研究转录因子结合) 存在表位掩蔽 是CHIP-seq的主流方案 ② 自然染色质免疫沉淀方案 (native/N-ChIP) 采用微球菌核酸酶(MNase)裂解染色质以获取DNA片段(一般会得到147...