1.2 进入RNA_seq环境 1.3 创建基因组索引文件 1.4 单端测序数据比对到参考基因组 1.5 双端测序比对到参考基因组 1.6 sam格式文件转换bam 本章将要带领大家掌握reads比对到参考基因组的办法,我已经先跑了一遍,4GB的内存还是太勉强了,比对到参考基因组时报错提示内存不足,因此我改用WSL将内存提升为8GB才解决问题。
生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分 细胞定量是scRNA-seq重要的分析步骤,主要是进行细胞与基因的定量, cell ranger将比对、质控、定量都封装了起来,使用起来也相当便捷。 1. 基本软件安装准备 需要准备cellranger和samtools 软件 cellranger安装和使用参考:生信与基因组学:单细...
这个对新手来说,是一个很大的坑,hg19、GRCH37、 ensembl 75这3种基因组版本应该是大家见得比较多的了,国际通用的人类参考基因组,其实他们储存的是同样的fasta序列,只是分别对应着三种国际生物信息学数据库资源收集存储单位,即NCBI,UCSC及ENSEMBL各自发布的基因组信息而已。有一些参考基因组比较小众,存储的序列也不一...
对于大多数RNA-Seq 测序,一般只有富集和测序mRNAs,一般不会比对到诸如 miRNAs 或 lincRNAs 之类的RNA上。R74基因组包含819个经过逆转录产生的转录本,这些转录本是通过逆转录产生的,随后又重新整合到基因组中,这些转录本通常是表达不活跃的。在这种情况下,mRNA产生的reads,尤其是junction reads,可能比对到甚至唯一比...
RNA-seq分析,选择合适的参考基因组其实也是有学问的。 例如,分析小鼠RNAseq,获取小鼠基因组序列,一般基因组数据库有: UCSC的genome data http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html#mouse NCBI的Genomes ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/M_musculus/ ...
RNA-seq分析,选择合适的参考基因组其实也是有学问的。 例如,分析小鼠RNAseq,获取小鼠基因组序列,一般基因组数据库有: UCSC的genome data http://hgdownload.soe./downloads.html#mouse NCBI的Genomes ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/M_musculus/ Ensembl ...
Hisat2是一种快速灵敏的比对程序，专用于映射下一代测序读数至人类基因组或单个参考基因组，广泛应用于RNA-seq数据。比对数据处理时，我们选择使用Hisat2。进行比对前，需要准备三个文件：基因组序列、基因注释文件（通常为.gtf格式，需用gffread转换）、以及蛋白序列文件。这些文件可以从NCBI、Ensembl、...
基于参考基因组的RNA-Seq数据自动分析软件是由中国烟草总公司郑州烟草研究院著作的软件著作,该软件著作登记号为:2017SR000577,属于分类,想要查询更多关于基于参考基因组的RNA-Seq数据自动分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
Rnnotator是一种自动软件管道,可通过从头组装RNA-Seq数据来生成转录本模型,而无需参考基因组。 Rnnotator必须在64位Linux体系结构上运行。 在运行Rnnotator之前,必须先满足以下先决条件: Blat v.34( )-完成 天鹅绒1.0.15( )-完成 AMOS( )-完成 Vmatch 2.0( ) bwa 0.5.8c( )-完成 MUMmer( )-完成 BioPe...
1、建立参考基因组索引: (rna)May515:21:21~/project/airway/05.mapping $ index=/teach/database/index/subread/hg38/hg38 #技能树 2、subjunc常用参数 subjunc常用参数: • -i <index> ## 索引数据文件的前缀。 • -r <m1> ## 双末端测序结果的第一个文件。 #相当于hisat2的-1参数 ...