基因表达芯片(Microarray)和RNA-seq都是用于分析基因表达的技术,但它们的原理、数据格式和输出结果有所不同。 1. 基因表达芯片(Microarray)数据格式 基因表达芯片技术通过预先设计好的探针(通常是已知基因的DNA序列)与样本中的RNA或cDNA进行杂交,从而检测基因的表达水平。在输出格式上,基因表达芯片通常以表格形式呈现数据。
最上面的是ChIP-seq数据,首先,测序深度都不高,而且测序深度极度的不稳定,深浅不一;其次,整个STAT3基因区域似乎都有覆盖到。 第二层是RNA-seq数据,可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的,非常exon和intron的间隔非常明显,因为是PE测序,还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了。至于测序深度,STA...
简而言之,转录组测序是一个广泛的术语,包含了多种不同类型的RNA分子的测序,而RNA-seq更专注于分析mRNA。这两种技术都可以用来研究基因表达,但是转录组测序可以提供更全面的RNA样本分析,包括非编码RNA,而RNA-seq主要是研究编码蛋白的mRNA。 百泰派克生物科技——生物制品表征,多组学生物质谱检测优质服务商 ...
三代全长转录组测序与RNA-seq是两种常用的转录组测序技术,它们在测序原理、应用范围和数据分析等方面存在一些区别。下面我将详细解答你的问题,并逐步解释这两种技术的区别。 1.测序原理: 三代全长转录组测序:三代测序技术主要包括PacBio SMRT(Single Molecule Real-Time)和Oxford Nanopore等。这些技术通过直接测序RNA...
转录组测序和RNA-seq是一样的，他们的关系如下：转录组测序的方法很多，而RNA-seq是当前转录组测序的一种测序方法，又称为二代测序，包括454，solexa等。RNA-seq即转录组测序技术，就是把mRNA,smallRNA,and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量测序技术把它们的序列测出来。反映出它们的表达水平。数字...
在生物膜两侧电压差的作用下，DNA/RNA 链以一定的速率通过纳米孔通道蛋白，由于DNA/RNA 链上不同碱基...
RNA-seq的counts值,RPM, RPKM, FPKM, TPM 的异同 现在常用的基因定量方法包括:RPM, RPKM, FPKM, TPM。这些表达量的主要区别是:通过不同的标准化方法为转录本丰度提供一个数值表示,以便于后续差异分析。 标准化的主要目的是去除测序数据的技术偏差:测序深度和基因长度。
转录组测序与 RNA-seq前期实验样本的处理是没有差别的，主要是测序量的不同及生物信息侧重点的不同，相对来说，转录组测序适合于大物种及基因组参考序列相对来说较差的物种，以及无参考基因组的物种，而RNA-seq 更适合于参考基因相对明确，一般只想寻找基因表达差异的物种样本。现在的生物信息领域RNA-seq...
FPKM v.s. TPM 两者的区别在于计算的顺序不同。 数学上其实是一致的,但是实际运用中,由于除不尽、近似等缘故,造成误差。调整计算顺序后,有助于减小误差。 举例:RNA-Seq分析|RPKM, FPKM, TPM, 傻傻分不清楚? 结论 RNA-seq分析时,一般使用TPM更为准确。 发布于 2024-03-10 06:59・IP 属地美国 ...