对于常规的2组样本RNAseq研究，我们关心的是组1和组2到底哪些基因有显著的差异表达（T检验获得P值，p值反映显著性），差异表达基因在组1和组2之间到底差了多少倍。这些信息都是通过火山图展示了出来的。火山图是以log2（差异倍数）为横坐标，以T检-log10（P值）为纵坐标。所以，我们最关心的基因就是图中左上角和右上...
Pat1⽤于展⽰RNA-seq测序原始数据质量的图⽰ 当⼆代测序的原始数据拿到⼿之后，第⼀步要做的就是看⼀看原始reads的质量。如果⼀开始质 量就不⾏，后⾯什么分析都是在浪费时间啊！这⼀步常⽤的⼯具是Fastqc。通常，会以单碱基质 量分布图，ATCG含量分布图去展⽰原始数据的质量。01单碱基...
能够对RNA序列数据进行分析的新方法可以让我们从头开始构建转录组。 对RNA进行测序一直以来都被认为是一种发现基因的有效方法,而且这种方法还被认为是对
结合ATAC-seq和RNA-seq分析发现，Il2rα1、Il18r1和Cd83基因的染色质可及性增加，表达上调。RT-qPCR...
RNA-Seq怎么选?看这篇! 转录组(Transcriptome)是细胞内所有转录产物的集合,包括mRNA和非编码RNA等。转录组分析是对样本转录产物RNA的深入挖掘研究。RNA测序(RNA-seq)是目前分析基因表达和发现新RNA物种的常用方法。通过专门的方法研究cDNA文库的制备,可以解释RNA的生物发生和代谢问题。 随着深度测序技术(NGS)的出现,它...
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公司产品:10X RNA-seq,RNA-seq 合作单位:中国人民解放军空军军医大学第三附属医院 组织来源的细胞外囊泡(EVs)在维持器官稳态中扮演关键角色,但它们的具体功能和治疗潜力尚未充分研究。通过scRNA-seq和bulk RNA-seq,结合组织超微结构检查,研究发现肝脏组织EVs(LT-EVs)在部分肝切除术后的肝脏再生过程中积极参与,其中...
rnaseq结果可以通过以下步骤来解读:1. 查看测序结果质量:测序结果的质量由Q值表示,Q值在0-40范围内。一般认为,测序结果的质量好,集中在30-40范围内。2. 查看碱基分布情况:碱基分布图显示了碱基在每条序列中的含量。蓝色的线是程序根据经验分布给出的理论值,红色是真实值,两者应该比较接近才比较好。3. 查看N统计...
本期,小编继续“看图说话”,一起看看RNA-seq基础分析里的图示都反映了哪些内容吧。 1 主成分分析图(PCA图)---用RNA测序结果体现样本聚类 主成分分析图是生信分析中最朴实无华的,因为谁都能看的懂。我们不需要操心X,Y轴的主成分到底是什么,只要明白每个样本都被一个2维坐标(X,Y)定位到了这张图上。对于基...
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