在RNA-seq项目中,每个椭圆表示一个比较组合(处理组 vs对照组)中的差异基因,椭圆重叠区域的数字表示对应的多个比较组合之间的共有差异基因个数,未重叠区域表示各比较组合特有的差异基因。可以通过与韦恩图对应的表格,可以看到比较组合共有和特有的基因信息。 聚类热图 ...
我们最想看到的情况就是,相同表型的个体(比如疾病组)会在图中聚类在一起。 2 差异基因表达散点图---体现重复样本的重复性好不好 我们可以简单的把这张图理解为2个样本的RNAseq结果关联度散点图。X,Y轴分别是两个样本,每个点代表一个基因在两个样品中 FPKM 的对数值(FPKM是RNAseq中衡量基因表达高低的常用数...
所以,测序数据与参考序列的比对分析,是RNAseq数据分析关键的一步,通常使用RNA_seQc软件绘制序列比对饼状图。 03 样本reads在参考基因组不同区域的分布图 (展示得到的数据是否来源于基因编码区) 说明:该图显示了每个样本的序列在Exon (外显子)、Intron (内含子)和Intergenic (基因间隔区域)区域的分布,可用于评估实...
RNA-seq中,KEGG通路图是将差异表达基因所处的通路信息进行展示。 对于有参考基因组的物种,转录组测序获得的差异基因构建KEGG通路图时可以选择物种特异性通路图(Organism-specificpathway map),物种相关的通路节点以绿色背景的方框表示。 节点(矩形框)代表某一基因、该基因...
RNA-seq中,KEGG通路图是将差异表达基因所处的通路信息进行展示。 对于有参考基因组的物种,转录组测序获得的差异基因构建KEGG通路图时可以选择物种特异性通路图(Organism-specificpathway map),物种相关的通路节点以绿色背景的方框表示。 节点(矩形框)代表某一基因、该基因编码的酶及这个酶参与的反应。框中的数字 ...
热图(heatmap)在RNA-seq数据中表示不同组织/细胞等样本或重复之间不同基因或重复序列等的表达水平差异。同时也可以通过聚类的方式呈现不同样本中不同基因的表达变化,从而呈现差异结果。而这种差异可以通过热图更好的可视化出来。 数据准备 在我们绘制热图之前,首先需要我们已经标准化后的RNA-seq相对定量结果。我们对于标...
如何在Rna-Seq转录组数据Kegg通路中找到感兴趣的基因 4919播放 KEGG通路图:基因logFC通路图标记自定义颜色简单实现(R语言) 8923播放 保姆级教程《手把手教你KEGG富集分析实操教学,信号通路不再苦恼》 9420播放 通路调控网络～富集分析后如何快速筛选出核心通路 ...
要想知道什么是RNAseq,首先我们来看一下RNA-seq的实验流程: 上图中,大家最熟悉的还是mRNA-seq。它是目前高通量测序技术中被用得最广的一种技术。我们都知道,total RNA中95%以上都是核糖体RNA,而rRNA在整个人类当中都是非常保守的,而且在人的各个组织器官当中也是极度稳定的。也就是说,rRNA并不能为我们实验者...
类似普通RNA-seq,10X ScRNA-seq也会进行差异分析。但两者的分析目标通常不同,所以策略上也有所不同,具体请见下表。 1 分析目标与策略 10X ScRNA-seq在细胞分为若干亚群后,一般需要对细胞亚群进行鉴定。亚群鉴定则依赖于标记基因。例如,如果是血液样本,高表达CD79A的亚群为B细胞;高表达CD3D和CD8A的亚群为T细胞。
RNA-seq中,KEGG通路图是将差异表达基因所处的通路信息进行展示。 对于有参考基因组的物种,转录组测序获得的差异基因构建KEGG通路图时可以选择物种特异性通路图(Organism-specificpathway map),物种相关的通路节点以绿色背景的方框表示。 节点(矩形框)代表某一基因、该基因编码的酶及这个酶参与的反应。框中的数字 ...