1、火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指标:fold change和校正后的p value,利用T检验分析出两样本间显著差异表达的基因后,以log2(fold change)为横坐标,以T检验显著性检验p值的负对数-log10(padj)为纵坐标。 图示解释: 红色点表示TS样本相对于对照样本CK表达量上调的基因,绿色点表示下调...
本期,小编继续“看图说话”,一起看看RNA-seq基础分析里的图示都反映了哪些内容吧。 1 主成分分析图(PCA图)---用RNA测序结果体现样本聚类 主成分分析图是生信分析中最朴实无华的,因为谁都能看的懂。我们不需要操心X,Y轴的主成分到底是什么,只要明白每个样本都被一个2维坐标(X,Y)定位到了这张图上。对于基...
Pat1用于展示RNA-seq测序原始数据质量的图示 当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。如果一开始质量就不行,后面什么分析都是在浪费时间啊!这一步常用的工具是Fastqc。通常,会以单碱基质量分布图,ATCG含量分布图去展示原始数据的质量。 01 单碱基质量分布图(体现了测序错误率高不...
RNA-seq中,对差异表达基因进行GO富集分析,采用topGO软件包实现有向无环图,展示差异基因富集的GO term及其层级关系,从上至下所定义的功能范围越来越具体。 对BP、CC、MF三大类各取富集程度最高的前10位作为DAG图主节点(方框表示),通过包含关系(is_a和part_of)将相...
想详细了解的看这个贴子 准备工作完成之后,我们就得到了一份高质量的原始数据(clean data),从而正式进入分析工作 【上游分析】 无论是以前的bowtie2+samtools+cufflinks+deseq2,还是现在转录组的当红炸子鸡流程hisat2+stringtie+ballgown,其本质的工作流程其实是一样的,只不过使用的算法不同而已。
RNA-Seq分析中(一)——用R画带基因名标签的火山图 生信狗的修炼秘籍 华中农业大学 生物信息学硕士 13 人赞同了该文章 火山图(volcano plot)常用于显著差异基因表达的展示,包含显著和差异两个重要信息。显著性指P值小于0.05,差异性常用FoldChange值>=2作为筛选标准。
某RNAseq分析流程 问题: 1. 单端测序和双端测序是什么意思? 2. 双端测序的read1和read2有什么关系?在后续的拼接和比对时是如何参与的? 3. 对比单端测序,双端测序的优势是什么? Illumina测序工作原理 Illumina测序流程(宣传动画)包括四个主要的步骤:样品制备,cluster生成,测序和数据分析。 样品制备的方法有很多,...
整个RNA-seq数据的可重复性检测来排除批次效应(技术重复系数Spearman R2 > 0.9)。若相同条件下基因表达量有差异则主成分分析(principle component analysis,PCA)应聚在一支。 图2.png 2. 转录本 有参分析时将序列比对到参考基因组或是转录组上获得表达转录本。比对到转录组上会屏蔽新的未注释的转录本,只对已知转...
样本水平分析:转录组相似性 基因水平分析:基因表达动力学 转录水平分析:转录本重构和定量 外显子水平分析:选择性剪接中的外显子包含率 7.RNA-seq高级分析有哪些? 基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-Expression Network Analysis, WGCNA) 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA) ...