reads回帖基因组和转录组(alignment) 计数(count) 基因差异分析(Gene DE) 数据的下游分析 二、准备工作 学习illumina公司测序原理 测序得到的fastq文件 注释文件和基因组文件的准备 1. fastq测序文件 在illumina的测序文件中,采用双端测序(paired-end),一个样本得到的是seq_1.fastq.gz和seq_2.fastq.gz两个文件,...
基因组的选择:以Ensembl网站提供的基因组为例,比对用基因组应该选择Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa Ensembl基因组的不同版本详见README和高通量测序数据处理学习记录(零):NGS分析如何选择合适的参考基因组和注释文件 三、软件安装 安装方式:软件安装可以通过例如apt-get、miniconda等方式来安装。由于minicon...
转录组分析我们从以下四个部分展开:数据获取和预处理转录本定量差异表达分析功能富集分析参考序列比对:在RNA测序数据分析中,由于可变剪切的存在,对reads进行splice比对是至关重要的。推荐使用 hisat2 和 STAR 这两个工具进行splice比对,适合处理二代测序RNA-Seq数据。对于三代测序RNA-Seq数据,可以考虑使用 minimap2 或...
reads回帖基因组和转录组(alignment) 计数(count) 基因差异分析(Gene DE) 数据的下游分析 二、准备工作 学习illumina公司测序原理 测序得到的fastq文件 注释文件和基因组文件的准备 1. fastq测序文件 在illumina的测序文件中,采用双端测序(paired-end),一个样本得到的是seq_1.fastq.gz和seq_2.fastq.gz两个文件,...
一般测序在初步生成fastq文件时候,adapter会被去除,但是有的会没有去除或者遗漏部分adapter。所以这一步是检测RNA-seq测序过程中adapter是否去除。如果没有去除会严重影响后续的比对工作。没有去除的adapter在质量处理环节会被处理掉。 2. multiqc质量报告 multiqc可以对几个fastqc报告文件进行总结并汇总到一个报告文件中,...