>df<-read.table("RNA-Seq_Practice_countstable")#读入数据文件>rownames(df)<-df$V1 #修改数据表的行名为基因ID(第一列V1)>df<-df[,c(2,3,4,5,6,7)]#现在行名已经为基因ID,因此删除数据的第一列>colnames(df)<-c("PR1","PR2","PR3","SR1","SR2","SR3")#修改行名>dim(df);names(...
转录组是在特定时空条件下细胞中基因转录表达产物,广义的转录组包括信使RNA,核糖体RNA,转运RNA及非编码RNA,狭义上是指所有mRNA的集合,转录组分析能够获得不同基因的表达情况。 1. 数据来源 假设有两个不同组织(PR和SR),每个组织各区三个样本,一共六个样本,利用illumina平台进行转录组测序,得到双端测序数据。数据...
为了进行分析，首先创建工作文件夹，并建立多个子步骤目录以组织后续流程。例如：00_trainingRawdata 01_trimmomaticFiltering 02_hisat2Mapping 03_featurecountsQuatification 04_DESeq2DEGanalysis ### 测序数据质量评估 使用fastQC软件对测序数据进行质量分析，生成HTML格式的报告，以PR1样本为例。此报告详...