reads回帖基因组和转录组(alignment) 计数(count) 基因差异分析(Gene DE) 数据的下游分析 二、准备工作 学习illumina公司测序原理 测序得到的fastq文件 注释文件和基因组文件的准备 1. fastq测序文件 在illumina的测序文件中,采用双端测序(paired-end),一个样本得到的是seq_1.fastq.gz和seq_2.fastq.gz两个文件,...
reads回帖基因组和转录组(alignment) 计数(count) 基因差异分析(Gene DE) 数据的下游分析 二、准备工作 学习illumina公司测序原理 测序得到的fastq文件 注释文件和基因组文件的准备 1. fastq测序文件 在illumina的测序文件中,采用双端测序(paired-end),一个样本得到的是seq_1.fastq.gz和seq_2.fastq.gz两个文件,...
RNA-seq数据分析可以分为四个主要步骤:质量控制、比对、表达量计算和差异表达分析,接下来一一进行介绍~ 质量控制:首先需要检查RNA-seq数据的质量,可以使用FastQC等工具对原始数据进行质量评估,这一步也可以使用R语言中相关的R包来进行,以下是一个使用例子: # 安装 fastqc install.packages('fastqc') # 运行fastqc ...
使用fastp 或者 trim_galore进行去除接头和低质量序列。这里双端数据推荐用trim_galore加上--paired 参数...
生信初入门——转录组数据分析(一) 关于生信处理在下啥都不会,老师让我先从RNA-seq入手学习(听说这个最适合新手 0_0)。 手里有三个RNA-seq的双端测序数据:100cell_PBMC、1cell_PBMC以及对照组的scRNA_PBMC,均无重复。找出前两个实验组分别相对于对照组的差异表达基因。
RNA-seq数据分析 判断测序的质量 分析的第一步,一般是先把测到的RNA片段,先mapping(比对)到基因组上。在比对完后,可以先看一下,有多少RNA片段是在靠近基因的5'端位置,又有多少片段在是靠近基因的3'端位置。 上图就是把所有的基因,都按其外显子的长度拉直,然后归一化到“0 - 100”的长度。看比对上的片段...
是在特定时空条件下细胞中基因转录表达产物,广义的转录组包括信使RNA,核糖体RNA,转运RNA及非编码RNA,狭义上是指所有mRNA的集合,转录组分析能够获得不同基因的表达情况。 1. 数据来源 假设有两个不同组织(PR和SR),每个组织各区三个样本,一共六个样本,利用illumina平台进行转录组测序,得到双端测序数据。数据原始格式...
对于RNA(转录组)数据,Bowtie2,TopHat以及STAR都是目前比较主流的RNA-seq分析软件。相对于Bowtie2,TopHat2调用了Bowtie同时丰富了功能可以识别splice junctions;STAR相对于TopHat在关注于可变剪切的同时运行速度要更快,比对结果更加准确,灵敏度更高。 Differential expression Cuffdiff...
RNA-seq数据分析完全指北-03:去除奇怪的RNA 1、GC双峰和重复序列来自哪里? 不同于我们常见的polyA富集方法,号称全转录组测序的rRNA depletion建库对于实验的要求更高,并且在建库过程中引入的我们并不想分析的序列也更多。 一个真正意义上的全转录组,包括哪些内容呢?
RNAseq,即通过高通量测序技术进行转录组测序分析技术,作为研究RNA的表达水平以及表达差异基因的应用,在过去的十几年内迅速发展。而今,RNAseq在转录本变异检测,基因融合检测,可变剪切检测等场景均有大规模的应用。转录本变异检测,是指通过比较样本RNA序列和参考基因组对应序列,来寻找单碱基多态性和小片段的插入缺失,其结...