转录组是指一个细胞、组织或生物体在特定条件或状态下转录的所有RNA集合。RNA-Seq利用新一代测序技术,通过测序细胞或组织中的所有RNA,分析其种类和丰度,从而获得基因表达的全景图。转录组测序的主要步骤包括:RNA提取、构建文库、测序和数据分析。二、转录组测序的主要步骤 RNA提取:从样本(如细胞、组织、血液等)...
kallisto 和salmon相比含有hisat2和STAR等软的RNA-seq流程而言,速度更快,这是因为该软件基于转录组序列reference(也即是cDNA序列)并且基于k mer比对原理。通常如果想研究RNA-seq过程基因发生了何种变化且不需知道新转录本,可以直接使用kallisto或salmon获取转录本的丰度信息。 install software conda install -c bioconda...
因为有时候要看别的RNA,通过沉降等方法,去掉核糖体,会留下游离核糖体,且有些RNA不在核糖体里,会留下约30%rRNA 在基因组上,rRNA的基因有很多,能mapping到很多地方,要丢掉这些reads stranded vs non-stranded 基因组上 很多基因是3’尾巴对3'尾巴 RNA在基因组上有方向5’→3’,当3'端基因重合,将无法确定read...
RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术 (NGS)的发展,RNA-seq的应用也越来越广。现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome)和RNA结构组(structurome结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学(...
转录组,也叫做 RNAseq,是指特定类型细胞中全体转录本的集合。在转录组中,既包括编码蛋白的信使 RNA(mRNA),也包括不编码蛋白的 rRNA,tRNA,小RNA,lncRNA 等非编码 RNA。这些 RNA 转录本彼此协同作用,共同来调控细胞的生长,发育,凋亡等一系列重要的生理过程。对于转录
无参转录组测序:对于没有参考基因组的物种进行转录组测序,首先对测序reads进行拼接,之后识别拼接结果中...
RNA-Seq(RNA sequencing),也称为全转录组测序,是一种利用深度测序技术来研究样本的RNA组成的技术。这种技术能够提供关于细胞中RNA存在性和丰度的信息,可以用来鉴定和量化在特定时间点或条件下所有类型的RNA分子,包括mRNA、非编码RNA和小RNA。 RNA-Seq开始于RNA的抽取和纯化。接着,通常会使用一种叫作逆转录的过程将...
转录组测序(transcriptome sequencing)是一种利用高通量测序技术来研究转录组的方法,也就是说,它可以用来测定一个特定生物或细胞类型的所有RNA分子。而RNA测序(RNA-seq)是转录组测序的一种,是一种利用深度测序技术特异性地研究转录组中的mRNA(信使RNA)水平的方法。
由于只对整个转录本进行短标签测序,在一定的测序深度下,DGE-Seq比传统RNA-Seq更经济,并且在产生相同的reads时,可以提供更高的动态检测范围。通过设计,DGE-Seq保留了RNA的链性。该方法已被多家公司商业化,具有一定的实用价值,特别是当简单的基因表达谱是目标的时候。当完整的基因组或转录组不能用于RNA-Seq读取的...