转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或...
我们会举例说明RNA-seq在RNA生物学关键研究中的应用,包括转录和翻译的动力学分析,RNA结构,RNA-RNA和RNA-蛋白质间相互作用等。最后我们小小地展望一下RNA-seq的未来,如单细胞和空间转录组是否也会是以后的常规分析,在什么情况下long reads会替代short reads RNA-seq。不过篇幅有限,本文对RNA-seq分析还是有照顾不到...
这两年随着测序成本的下降和转录组研究的日渐火热,RNA-seq俨然已经成为了分子生物学课题组推进项目的首选方向。 5.37个RNA-seq工具大PK,教你数据处理方法如何选择 RNA-seq技术的广泛应用为转录组研究迎来了一个新时代。根据研究内容的方向,精度、速度和成本要求不同,科研...
cd xx/RNA-Seq_Practice cp -r xx/Ref . cd Ref gunzip -c chr.fa.gz > chr.fa #解压参考基因组 time hisat2-build -p 1 chr.fa Chr #建立索引文件 完成上述步骤后,将过滤得到的reads比对到参考基因组上。输入文件为两个fasta序列文件,将运行过程中的输出提示重定向到log文件。
转录组测序(transcriptome sequencing)是一种利用高通量测序技术来研究转录组的方法,也就是说,它可以用来测定一个特定生物或细胞类型的所有RNA分子。而RNA测序(RNA-seq)是转录组测序的一种,是一种利用深度测序技术特异性地研究转录组中的mRNA(信使RNA)水平的方法。
RNA-seq 转录组 转录组学(transcriptomics)的研究对象是全基因组尺度下所有转录本(transcript),即转录组(transcriptome) 转录本测定研究 基于杂交的基因芯片技术 将荧光标记的cDNA制成微阵列探针来测定样本中特定转录本含量。又称为 基因芯片(Gene Chip)、微阵列(Microarry)。
RNA-Seq(RNA sequencing),也称为全转录组测序,是一种利用深度测序技术来研究样本的RNA组成的技术。这种技术能够提供关于细胞中RNA存在性和丰度的信息,可以用来鉴定和量化在特定时间点或条件下所有类型的RNA分子,包括mRNA、非编码RNA和小RNA。 RNA-Seq开始于RNA的抽取和纯化。接着,通常会使用一种叫作逆转录的过程将...
RNA-seq即转录组测序技术(Transcriptome sequencing),广义的定义为:对细胞内所有RNA(包括rRNA/ tRNA/ mRNA等)进行高通量测序,狭义的定义为:对细胞内mRNA进行高通量测序,临床检验实验室指的一般为狭义的转录组测序。 融合基因 融合基因(Fusion genes , FG)是...
本文中,首先介绍了DGE的“基本准则”短读RNA-SEQ分析,然后将标准短读方法与新兴的长读RNA-SEQ和dRNA-SEQ技术进行比较。描述了短读排序建库的发展、实验设计和工作流。还有单细胞测序和空间分辨转录组分析。以及转录和翻译动力学、RNA结构、RNA-RNA和RNA-蛋白质相互作用的分析。 最后,讨论了RNA-SEQ未来可能的发展前...