2.2总数据量不变,生物学重复数与测序量最佳组合 如果n=3固定不变,单个样本数据量降低,TPR的变化 2.3总数据量不变,生物学重复数与测序量最佳组合 不同测序量与生物学重复数组合,对应的FPR变化 但是不同的生物学重复数和单样本测序量的组合,对假阳性率(FPR)的影响却较小。如图1(b),灰色实线代表不同生物学重复数(n)和单
生物学重复:使用相同条件下的不同生物样本,测量样本之间的生物变异。 在微阵列芯片时代,技术重复被认为是必要的;然而,在目前的RNA-Seq技术中,技术变异远低于生物变异,不需要技术重复。 相反,生物重复对于差异表达分析是绝对必要的。对小鼠或大鼠来说,确定不同的生物样本的组成可能很容易,但确定细胞系就有点困难了。...
使用同一个抽提的RNA重复进行芯片杂交称为技术重复。取重复点的平均值,由于平均值与组分本身相比变异较小, 所得到的表达评价更可靠。由于抽提具有可重复的特点, 与生物学重复相比, 技术重复的测量变异程度较小。但是技术重复不是完全独立的,取平均值不能去除共有的系统偏差(Yang and Speed, 2002)。重复分析来自同...
这也与前两点得出的结论一致——对于RNA-seq,生物学重复数的价值要大于单个样本测序量。 但增加生物学重复的样本数,意味着要增加建库费用。因此,即使总数据不变,设置过多的生物学重复也是不合理的。一般而言,设定3个生物学重复,依然是最高性价比的选择。 3. 其他 增加单样本数据量对定量的改良是有限的。但对于...
虽然RNA-seq比芯片表现了更低的技术偏倚,但是生物系统中固有的随机变化都要求任何RNA-seq实验要做生物学重复。使用额外的重复能够确定异常样本,在必要情况下,在进行生物学分析之前,移除这些异常样本或降低这些异常样本的权重。确定生物学重复需要考虑几个因素,包括效应大小(effect size),组内变异,可接受的假阳性和假...
使用相同的生物样本重复实验步骤,以准确测量技术差异并在分析过程中将其去除。 生物学重复 使用相同条件下的不同生物样本来衡量样本间的差异。 在微阵列时代,技术重复被认为是必要的;然而,当前的RNA-seq技术,技术差异远低于生物差异,因此不需要技术重复。相反,生物重复对于差异表达分析是绝对必要的。
文献一中提出，许多RNA-seq研究中的生物学重复不足，导致统计功效低下，测序资源未得到充分利用。该研究在人乳腺癌MCF7细胞系中进行实验，发现当读数增加到每样本10μM后，继续增加数据量对检测差异表达基因的统计功效影响逐渐减小，而增加生物学重复数在所有数据量下均显著提高统计功效。另一篇文献探讨了...
使用相同的生物样本重复实验步骤,以准确测量技术差异并在分析过程中将其去除。 生物学重复 使用相同条件下的不同生物样本来衡量样本间的差异。 在微阵列时代,技术重复被认为是必要的;然而,当前的RNA-seq技术,技术差异远低于生物差异,因此不需要技术重复。相反,生物重复对于差异表达分析是绝对必要的。
首先,回复态度一定要好。“审稿人大人,我知道生物学重复很重要,但是经费限制所以没有设置重复啊”。都是同行,轻虐……光光服软还不行,还要拿出真功夫,还是要从文章涉及的具体内容上回复审稿人的建议。 一般一篇RNA-seq类的文章,其结论主要涉及两个方面的问题。对于文章中结论中涉及的具体与某个性状相关的基因,还是...
在RNA-Seq实验设计中，生物重复和测序深度是两个关键的参数，它们对数据质量和解释结果的可靠性都有重要影响。理解它们之间的权衡是实验设计的重要部分。生物重复是指独立取样的个体数目。它对于估计生物过程中的变异性非常重要，有助于增强研究结果的统计力。更多的生物重复可以提高对实验条件下基因表达差异...