在全基因组测序中,比对到同一位置的序列被认为是PCR扩增引入的技术噪音,通常只保留1条用于后续分析;而在RNA-seq中,这些重复的序列则因为可能是真实的生物信号而被保留。高表达的转录本在样本中可能有数百万份RNA拷贝,当做为cDNA测序时,产生相同的片段也是合理的。因此,在比对 (alignment)过程中,不建议计算去除比对...
在全基因组测序中,比对到同一位置的序列被认为是PCR扩增引入的技术噪音,通常只保留1条用于后续分析;而在RNA-seq中,这些重复的序列则因为可能是真实的生物信号而被保留。高表达的转录本在样本中可能有数百万份RNA拷贝,当做为cDNA测序时,产生相同的片段也是合理的。因此,在比对 (alignment)过程中,不建议计算去除比对...
我们知道二代RNA-seq这个过程中会经过PCR扩增,但是PCR具有偏好性,这样就导致了有点序列扩增的多,有的少.在总扩增倍数相同的基础上,就会导致一定的假阳性 这次,我们就来总结下在RNA-seq中去重的工具,先盗个图 来自简书 sambamba 安装的方法多种多样,可以用conda,github之类都可以 我在这里就不在叙述 关于用sambamb...
自动检测并去除接头序列,减少接头序列对下游分析的影响。 去除读数中含有N(不确定碱基)的部分,提高数据质量。 去除PCR重复序列,减少重复读数对分析结果的影响。 提供多种过滤和修剪选项,如去除长度不足的读数、过滤掉低复杂度序列等。 通过Conda或直接从GitHub安装。 # 使用Conda安装conda install -c bioconda fastp#...
在数据预处理阶段,使用cutadapt去除PCR重复,建议针对150bp片段,设置相关参数如 --length 50 和 --quality 25,必要时可调整 --strength 参数。此步骤可能耗时,可考虑多线程并行处理。三、原始数据处理与质量控制 处理大规模数据(如120GB)可能需要一天,通过多线程 (-t 16)进行QC,确保数据质量。...
将UMI纳入文库制备中以去除PCR重复。同时它还利用交联核苷酸上cDNA合成过程中普 遍存在的未成熟终止的优势,通过截断的cDNA扩增获得单核苷酸分辨率的交联位点的定 量检测图谱。PAR-CLIP(Photoactivatable- ribonucleoside-enhanced CLIP)通过使 用4 sU和356-nm UV交联获得单核苷酸分辨率的RNA-蛋白互作图谱。4 sU在细胞培养...
在全基因组测序中,比对到同一位置的序列被认为是PCR扩增引入的技术噪音,通常只保留1条用于后续分析;而在RNA-seq中,这些重复的序列则因为可能是真实的生物信号而被保留。高表达的转录本在样本中可能有数百万份RNA拷贝,当做为cDNA测序时,产生相同的片段也是合理的。因此,在比对 (alignment)过程中,不建议计算去除比对...
在全基因组测序中,比对到同一位置的序列被认为是PCR扩增引入的技术噪音,通常只保留1条用于后续分析;而在RNA-seq中,这些重复的序列则因为可能是真实的生物信号而被保留。高表达的转录本在样本中可能有数百万份RNA拷贝,当做为cDNA测序时,产生相同的片段也是合理的。因此,在比对 (alignment)过程中,不建议计算去除比对...
关于去除重复PCR的去除与否 一般是RNA-seq不需要去除,call snp和chip-seq,dap-seq需要去除。原理详解 使用picard去除重复的reads. java -Xms48g -jar $picard MarkDuplicates REMOVE_DUPLICATES= true INPUT=${bef[[$i]}.map.bam OUTPUT=${bef[[$i]}.repeatmark.bam METRICS_FILE=${bef[[$i]}.bam.metrics...
但是,在制备cDNA文库时,由于PCR的偏好性,还是会引入duplication reads;很难去评估PCR引入的重复reads和生物重复reads的比例并把其作为一个质控因素校正RNA-seq实验的结果。 UMIs被认为是一个处理扩增偏好性的方法。在cDNA分子扩增前加入随机UMIs可以用于识别并计算移除PCR引入的重复,而不影响到基因自身表达引入的重复,进...