标签测序法 (tag-sequencing protocols),例如QuantSeq (Lexogen, Austria)通常比标准RNA-seq实验流程更为简单。标签测序法采用随机引物或带有oligo-dT的引物进行PCR扩增分选出转录本的3’末端的同时加上接头序列,优化掉了poly(A)富集、rRNA移除和接头连接等步骤。这一方法可以在更低的测序深度条件下达到与标准RNA-seq...
RNA-seq数据通常有较高的重复率 (duplication rates),即许多测序序列会比对到转录组的相同位置。在全基因组测序中,比对到同一位置的序列被认为是PCR扩增引入的技术噪音,通常只保留1条用于后续分析;而在RNA-seq中,这些重复的序列则因为可能是真实的生物信号而被保留。高表达的转录本在样本中可能有数百万份RNA拷贝,当...
归纳:RNA-seq去重 前言 我们知道二代RNA-seq这个过程中会经过PCR扩增,但是PCR具有偏好性,这样就导致了有点序列扩增的多,有的少.在总扩增倍数相同的基础上,就会导致一定的假阳性 这次,我们就来总结下在RNA-seq中去重的工具,先盗个图 来自简书 sambamba 安装的方法多种多样,可以用conda,github之类都可以 我在这里...
自动检测并去除接头序列,减少接头序列对下游分析的影响。 去除读数中含有N(不确定碱基)的部分,提高数据质量。 去除PCR重复序列,减少重复读数对分析结果的影响。 提供多种过滤和修剪选项,如去除长度不足的读数、过滤掉低复杂度序列等。 通过Conda或直接从GitHub安装。 # 使用Conda安装conda install -c bioconda fastp#...
在数据预处理阶段，使用cutadapt去除PCR重复，建议针对150bp片段，设置相关参数如 --length 50 和 --quality 25，必要时可调整 --strength 参数。此步骤可能耗时，可考虑多线程并行处理。三、原始数据处理与质量控制 处理大规模数据（如120GB）可能需要一天，通过多线程 (-t 16)进行QC，确保数据质量。...
早期的RNA-seq实验从细胞群(如来源于某个组织或器官的细胞)中得到DGE数据, 并可以应用于很多物种,如玉米(Zea mays),拟南芥(Arabiodopsis thaliana),酿酒 酵母(Saccharomyces cerevisae),鼠(Mus musculus)和人(Homo sapiens)。虽然 RNA-seq这个词通常包含很多不同的RNA相关的方法或生物应用,但DGE分析始终是 ...
RNA-seq数据通常有较高的重复率 (duplication rates),即许多测序序列会比对到转录组的相同位置。在全基因组测序中,比对到同一位置的序列被认为是PCR扩增引入的技术噪音,通常只保留1条用于后续分析;而在RNA-seq中,这些重复的序列则因为可能是真实的生物信号而被保留。高表达的转录本在样本中可能有数百万份RNA拷贝,当...
使用唯一分子标识符来检测PCR重复 RNA-seq数据通常有较高的重复率 (duplication rates),即许多测序序列会比对到转录组的相同位置。在全基因组测序中,比对到同一位置的序列被认为是PCR扩增引入的技术噪音,通常只保留1条用于后续分析;而在RNA-seq中,这些重复的序列则因为可能是真实的生物信号而被保留。高表达的转录本...
单细胞RNA测序数据在许多方面与bulk RNA测序不同。大多数scRNA-seq技术生成的read序列包含三个关键信息: 识别RNA转录本的cDNA片段; 细胞barcode(CB)用于识别表达RNA的细胞; 唯一分子标识符 (UMI) 用于处理PCR重复read。 与bulk RNA测序相比,scRNA-seq处理的RNA量要少得多,并且进行更多的PCR循环。因此,UMI变得非常有...
单细胞分离后会被裂解释放RNA到溶液中以进行cDNA合成,并用于RNA-seq文库制备。通常在文库制备过程中会使用PCR扩增单个细胞的RNA。这一步扩增会引入PCR偏差,需要使用UMI进行校正。尽管由于逆转录过程符合Poisson采样分布,但只有10–20%的转录本会被逆转录,限制了转录本检测的敏感性,不过各种方法都可以生成可用的数据。