正如上面所讨论的,long-read和baseline short-read 平台一样,都需要在测序之前将mRNA转化成cDNA。近期Oxford Nanopore展示他们的纳米孔测序技术能直接测序RNA,也就是说,建库过程中没有修复、cDNA合成、PCR扩增这些过程,移除了这些操作过程的偏好并且保留了RNA上的表观修饰信息,这一技术也称为dRNA-seq。直接从RNA建库...
这些重复序列在总测序序列中的占比简称为Dup rate。 Dup会影响DNA测序变异检测结果准确性,需要在生信分析中去除,只是会产生测序成本浪费。RNA测序遇上Dup,问题就更复杂了。一类Dup是建库或测序过程引入的“坏”Dup,另一类Dup是样本高基因表达形成相同模板的“好”Dup。 如果不分“好”“坏“全去,就会损失这部分“...
不要用去验证RNA-seq的结果。RNA-seq是一种非常可靠的，全面的评估转录水平变化的方法，已经有无数的...
高影响因子杂志通常会要求 RNA 表达量分析进行生物学重复实验,推荐三个或三个以 上的重复设置. 5. RNA-seq 与 qPCR 验证结果不一致如何解释? 首先排除样本对照和处理是否弄反,用于验证的基因表达量是否偏低(建议选择差异 倍数在 5-10 倍的基因),或测序与 qPCR 不是同一样本.如果大部分基因都验证上只有 少...
此外，评估RNA-seq数据集的全局质量也是至关重要的，可以检查重复实验之间的可重复性以及可能存在的批次...
这些Read重复都会一定程度上导致一些碱基信号被错误地拉高或者减低,会对后续分析带来干扰,特别是在WGS和WES分析时都需要去除。如果测序过程没什么特殊问题或者原因,那么,测序数据的duplicate比例一般都在10%以下。 另外,PCR duplicates可以通过PCR-free来避免。并且PCR本身还会带来一些其他的问题,比如扩增过程自带了一定的偏...
做完RNA-Seq测序之后,往往会用QPCR来验证一下结果。 因为RNA-Seq测序数据得到的结果作为定量参考,参数的改变也会造成结果的不同。所以需要进行qPCR验证,表达水平的结果最终以实时定量PCR为准。 一般需要验证基因的数目:20个左右 在验证时,往往会出现RNA-Seq测序结果和QPCR结果不一致的情况,遇到此类情况,因为这是正常...
RNA-seq其实只是一个筛选后和参考的数据,不一定准确,一般挑出靶点后,就是用RT-PCR来进行验证的。结果一 题目 检验RNA-seq的数据为什么用RT-PCR 答案 还有更好更实惠的方法吗?RNA-seq其实只是一个筛选后和参考的数据,不一定准确,一般挑出靶点后,就是用RT-PCR来进行验证的.相关推荐 1检验RNA-seq的数据为什么用...
这两个都是个表达量趋势变化，不是绝对定量没有关系，你只是得到一样的变化趋势就可以，所以只要保证...
还跟个体基因表达丰度相关，因此看重复间误差意义不大。但qRT-PCR主要是单个基因表达的独立检测， ......