如果一个表达量矩阵,里面的样品是时间序列这样的多分组,比如处理前后以及处理过程的不同时间梯度或者不同浓度,那么我们就需要每个分组都去跟对照组进行差异分析,上下调的组合非常多,结果也很难精炼出生物学结论,这个时候就可以选择WGCNA或者mfuzz这样的时间序列分析。 也就是说,只要是多分组,就涉及到多次差异分析,而且...
第十九节:NMF鉴定不同的生物学功能【Cell】,不同cluster的异质性确定【Cancer Cell】 第二十节:Mfuzz、 BioNet调控网络构建 Cell:Molecular Choreography of Acute Exercise(第五批学员为文章一作) 第二十一节:使用SCENIC进行转录调控网络分析和核心...
RNA 34. SCI 文章基因蛋白表达时间趋势分析及划分聚类群 (Mfuzz) 简介 转录组测序(RNA-seq)被广泛用于检测急性淋巴细胞白血病(ALL)的基因重排和定量基因表达,但其在鉴定CNVs方面的实用性和准确性尚未得到很好的描述。由于非整倍体亚型在ALL中的高发,通过RNA-seq推断出的CNV信息对于指导ALL的疾病分类和风险分层具有很...
To investigate the overall gene expression patterns during the infection process, we clustered the 16,036 identified DEGs, which represented 65.9% of the entire genome, using the MFUZZ k-means clustering algorithm [27]. As a result, these DEGs were divided into eight clusters named as C1 to C...
We now provide test files for both functions of RNfuzzyApp , differential expression analysis, as well as Mfuzz clustering, on our gitlab account (in App/test_files). The “maximum upload size exceeded error” could be due to size limits within R shiny, which we have tried to circumvent....
To explain the principle of co-accumulation, it showed that MeJA induced JA signaling and the shikimic acid pathway, and the methylvaleric acid (MVA) pathway was activated downstream subsequently by the Mfuzz and weighted gene co-expression analysis. Under the shared metabolic pathway, the high ...
聚焦到某个点不就是按照你关心的基因名提取表达矩阵，然后按照时间顺序绘制折线图，然后将其与b位点的...
如果一个表达量矩阵,里面的样品是时间序列这样的多分组,比如处理前后以及处理过程的不同时间梯度或者不同浓度,那么我们就需要每个分组都去跟对照组进行差异分析,上下调的组合非常多,结果也很难精炼出生物学结论,这个时候就可以选择WGCNA或者mfuzz这样的时间序列分析。
4.Mfuzz、 BioNet调控网络构建 第十六节:大数据分析在基金申请中应用 第十七节:实践课(课程总结,带领学员使用自测数据完成整体分析流程) 关注下方公众号获取更多信息! 单细胞多组学课程,看: 第一节:通过两篇Nature文章了解单细胞测序基础原理,解读单细胞测序在癌症、发育及神经科学等领域的研究内容及思路。
4.Mfuzz、 BioNet调控网络构建 第十六节:大数据分析在基金申请中应用 第十七节:实践课(课程总结,带领学员使用自测数据完成整体分析流程) 关注下方公众号获取更多信息! 单细胞多组学课程,看: 第一节:通过两篇Nature文章了解单细胞测序基础原理,解读单细胞测序在癌症、发育及神经科学等领域的研究内容及思路。