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conda create --name sequana_env python 3.7.3 conda activate sequana_env conda install -c anaconda qt pyqt>5 pip install sequana pip install sequana_rnaseq conda install --file https://raw.githubusercontent.com/sequana/rnaseq/main/conda.yaml ...
大家好,关于RNA测序,差异分析之后,下游的可视化分析往往是一个十分关键而又有一定难度的内容。今天来给大家介绍一个集RNA-Seq的下游可视化和通路分析于一体的新生代R包,即RVA包。 RVA包,RNAseq Visualization Automation,最初发表于GitHub上,于2020年12月被CRAN收录发表;它可以快速地对差异分析结果进行汇总和可视化,并...
HISAT2:https://daehwankimlab.github.io/hisat2/
本文来源于哈佛大学的单细胞课程系列,在此做一些学习,不当之处请指正。 scRNA-seq/07_SC_clustering_cells_SCT.md at master · hbctraining/scRNA-seq · GitHubhttps://github.com/hbctraining/scRNA-seq/blob/master/lessons/07_SC_clustering_cells_SCT.md 学习目...
现在你要做的就是(1)准备目标癌种的TCGA数据和GEO数据--用于构建预后101模型 ,(2)目标癌种预后模型的基因列表 以及 对应的系数 -- 用于模型比较。(3)写文章发表。 参考资料:https://github.com/l-magnificence/Mime?tab=readme-ov-file
xCELL是基于标记基因集合的ssGSEA算法,可以得到如下图所示的5个大类的64种细胞类型的丰度结果,包括适应性和先天免疫细胞,造血祖细胞,上皮细胞和细胞外基质细胞(含有非免疫的细胞类型)。 1, 输入数据要求 根据xCELL包的github官网https://github.com/dviraran/xCell中提到,注意rowname需要是 gene ,而不是像cibersort...
但是我报错了,错误很奇怪,没解决,但是我换了个 extract_splice_sites.py 程序,就可以运行啦!之前是HISAT 0.1.5-beta release 2/25/2015里面的python程序,后来我换做了github里面的就可以啦! /home/jmzeng/hoston/RNA-soft/hisat-master/extract_splice_sites.py Mus_musculus.GRCm38.79.gtf >mouse_splicesites...
github:github.com/DaehwanKimLa 官方帮助文档:Manual | HISAT2 hisat2安装: 服务器上运行以下命令: conda install -c bioconda hisat2 比对方法 第一步:准备参考基因组 详细可以参考:RNA-seq数据分析 04:相关数据的下载 这里再重复一次: 所选用的物种为拟南芥,进入TAIR(TAIR - Download - Genes (arabidopsis...
gitclonehttps://github.com/szenitha/Shiny-Seq.git 无需要编译,直接启动 http://49.235.27.111:3838/paper/Shiny-Seq/App/ 一般来说,第一次安装肯定会报错,需要排查,比如这个代码里面经常出现文件名大小写混淆的错误,应该是操作系统迁移的问题: ls *.R|whilereadid;do( mv$id${id/.R/.r});done ...