因此,为了确定在水稻条纹病毒感染过程中可能发挥关键调节作用的转录因子,作者使用ATAC-seq中确定的上游基序在DEG数据中搜索转录因子,共发现34个转录因子。为了进一步验证RNA-seq中这些转录因子的转录变化,作者选择了8个已被报道与水稻生物胁迫有关的基因(OsWRKY77、OsERF91、OsWRKY45、OsWRKY28、OsJAMYB、OsWRKY12、Os...
Type Ⅰ的基因随着细胞周期表达的变化很可能是由于DNA到RNA的转录过程影响的,而调控转录过程的一个重要因素是转录因子(Transcriptional Factor, TF)——一种通过与DNA相互作用在转录水平参与基因表达调控的蛋白质。为了筛选出调节细胞周期进程的关键TF,利用回归算法研究TF的剪接后RNA表达水平与靶基因未剪接RNA转录水平的相...
RNA-seq是从整体组织或细胞的转录水平,系统研究基因的转录图谱,其测定的数据中除了转录因子的表达信息外,还有其它基因的测定结果;ATAC-seq则是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,得到全基因组范围内蛋白质可能结合的位点信息,从而筛选感兴趣的特定转录因子(在实际应用中ATAC-seq通常会与其他测序如RNA-seq、ChIP-s...
将干性特征应用于单细胞转录图谱,显示所有五个肿瘤的干性梯度(图3D)。干性梯度与细胞周期元特征有一定的负相关性(图3C),与干性细胞的整体分化率较低一致。与体内梯度相关的基因包括来自体外分析的预期分类基因,以及可能反映培养模型中不明显的干性方面...
其基本原理是将待测蛋白A与酵母转录因子的激活结构域融合表达,同时将蛋白B与转录因子的DNA结合结构域融合表达。当蛋白A和蛋白B在酵母细胞内发生相互作用时,会重新组装成一个完整的功能性转录因子,进而激活特定报告基因的表达。实验步骤主要包括构建融合蛋白表达载体、转入酵母细胞、筛选阳性克隆以及报告基因活性检测。通过...
SCENIC的分析预测了T细胞中转录因子的关键调控网络。RUNX3,GATA3,IRF4,TBX21和EOMES(五个核心TF)将成为控制LUAD-Tcell的核心枢纽(图4A-4B)。利用Cytoscape可视化预测的TFs及其靶基因,构建基因调控网络(图4C)。 图4 4.LUAD病变...
与前列腺癌和非小细胞肺癌的研究类似,发现很多转录因子在转分化过程中差异表达。新发现是DGC到NEC转分化过程发现的干扰素相关通路呈负相关,这伴随着IHC染色中CD8T淋巴细胞浸润减少,支持神经内分泌分化作为胃癌免疫逃避机制,未来需要进一步的功能研究。 END
基于转录与染色质开放性的高度相关，研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系；从中鉴定了446个核心转录因子，并推测它们可能与小麦遗传转化效率的品种间差异有关；通过对比小麦和拟南芥的再生过程，发现了愈伤组织诱导前期被激活的转录因子家族存在差异：...
转录因子(Transcription Factors, TFs)指能够以序列特异性方式结合 DNA 并且调节转录的蛋白质。转录因子通过识别特定的 DNA 序列来控制染色质和转录,以形成指导基因组表达的复杂系统。转录因子的调控决定着基因的调控网络以及表达水平。 综述文章: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867418301065 ...
2017年发表在Nature Methods杂志上的SCENIC[1]算法,利用单细胞RNA-seq数据,同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定,应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据,提出并证明了顺式调控网络分析能够用于指导转录因子和细胞状态的鉴定。SCENIC通过使用生物学驱动的features自动清除肿瘤样本特异性等批次效应。