段落主要内容:该段落通过伪时间轨迹分析探讨了花生叶片细胞的空间和时间分布,揭示了细胞分化过程中的关键标记基因和转录因子(TFs)。研究人员利用伪时间轨迹可视化了每个细胞簇在主干上的分布,并识别出 4 个小分支,这些分支中的细胞显示出与主细胞分化路径的时间异质性。分析还揭示了 10 个关键标记基因,可将所有单细胞分为 9 种叶片细胞
通过下游报告基因的转录和表达情况,可以判断转录因子是否具有转录激活活性。 双荧光素酶报告基因:既可以检测转录激活因子也可以检测转录抑制因子。将待测转录因子与GAL4结合域构建在同一载体上,与含有GAL-TATA转录调控原件并带有荧光虫荧光素酶(Firefly luciferase)的表达载体共转,使这段序列调控luciferase的转录表达。通过...
除了传统的 mRNAseq 测序,目前又逐渐开发除了其他非编码 RNA 的测序,包括长链非编码RNA(LncRNA) 测序,小 RNA (Small RNA),环状 RNA(circRNA)以及全转录组测序,单细胞转录组测序,转录调控因子测序,蛋白质组学测序,代谢组学测序等。 二、RNAseq 研究 10 年 地址:https://www.nature.com/articles/s41576-019-...
4. 调节番木瓜成熟差异转录因子分析 DARs注释结果显示,1-MCP处理样本与对照相比较,下调的转录因子的数量远多于上调的。在1-MCP 2 h vs control下调的转录因子以MADs-M型最多。在1-MCP 16 h vs 1-MCP 2 h上调的TFs中,MADs-M型是唯一差异表达的转录因子。1-MCP处理显著影响成熟过程中的其他转录因子,如MYB、...
Type Ⅰ的基因随着细胞周期表达的变化很可能是由于DNA到RNA的转录过程影响的,而调控转录过程的一个重要因素是转录因子(Transcriptional Factor, TF)——一种通过与DNA相互作用在转录水平参与基因表达调控的蛋白质。为了筛选出调节细胞周期进程的关键TF,利用回归算法研究TF的剪接后RNA表达水平与靶基因未剪接RNA转录水平的相...
在正式阅读之前我们先来回顾一下转录因子的相关概念,转录因子(Transcription factor,TF)也称为反式作用因子,是指能够与真核基因的顺式作用元件发生特异性相互作用,并对基因的转录有激活或抑制作用的DNA结合蛋白。转录因子一般由DNA结合域、转录调控域(包括激活域或抑制域)、寡聚化位点以及核定位信号等4个功能区域组成...
基于转录与染色质开放性的高度相关,研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络,该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系;从中鉴定了446个核心转录因子,并推测它们可能与小麦遗传转化效率的品种间差异有关;通过对比小麦和拟南芥的再生过程,发现了愈伤组织诱导前期被激活的转录因子家族存在差异:...
本文旨在通过RNA-Seq技术,识别胃癌不同阶段(I期、II期和III期)与正常组织之间的差异表达基因(DEG)、单核苷酸多态性(SNP)和转录因子(TFs)。作者利用Illumina测序平台,获得了超过4亿个读数,旨在全面解析胃癌的转录组变化。📈 数据分析流程: 数据读取和质控 ...
2017年发表在Nature Methods杂志上的SCENIC[1]算法,利用单细胞RNA-seq数据,同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定,应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据,提出并证明了顺式调控网络分析能够用于指导转录因子和细胞状态的鉴定。SCENIC通过使用生物学驱动的features自动清除肿瘤样本特异性等批次效应。
SCENIC的分析预测了T细胞中转录因子的关键调控网络。RUNX3,GATA3,IRF4,TBX21和EOMES(五个核心TF)将成为控制LUAD-Tcell的核心枢纽(图4A-4B)。利用Cytoscape可视化预测的TFs及其靶基因,构建基因调控网络(图4C)。 图4 4.LUAD病变...