利用RNA Velocity分析,SnapTotal-seq成功重构了293T细胞的细胞周期动态(G2/M→G1→S→G2/M)。与其他单细胞转录组技术相比,SnapTotal-seq在细胞周期动态转化的重构上优于基于Poly(A)尾RNA捕获的CEL-seq2和Smart-seq3,而与VASA-seq相当,后者也能较为精确地重构细胞周期动态。 图1 SnapTotal-seq方法及其效果验...
因此,为了确定在水稻条纹病毒感染过程中可能发挥关键调节作用的转录因子,作者使用ATAC-seq中确定的上游基序在DEG数据中搜索转录因子,共发现34个转录因子。为了进一步验证RNA-seq中这些转录因子的转录变化,作者选择了8个已被报道与水稻生物胁迫有关的基因(OsWRKY77、OsERF91、OsWRKY45、OsWRKY28、OsJAMYB、OsWRKY12、Os...
Step4:RT-PCR验证转录表达。 文章小结 文章用到的方法都是常见分析内容,但需要整体数据分析的逻辑性。从所有细胞类型,先注释找到有用的细胞,再从中找到关键类型,再细分亚群。将基因用WGCNA分析划分模块,再找到与性状最相关的模块,结合RNA-seq差异结果,韦恩图筛选共有基因,同时完成表达量的验证。转录因子注释属于优中...
RNA-seq是从整体组织或细胞的转录水平,系统研究基因的转录图谱,其测定的数据中除了转录因子的表达信息外,还有其它基因的测定结果;ATAC-seq则是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,得到全基因组范围内蛋白质可能结合的位点信息,从而筛选感兴趣的特定转录因子(在实际应用中ATAC-seq通常会与其他测序如RNA-seq、ChIP-s...
2017年发表在Nature Methods杂志上的SCENIC[1]算法,利用单细胞RNA-seq数据,同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定,应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据,提出并证明了顺式调控网络分析能够用于指导转录因子和细胞状态的鉴定。SCENIC通过使用生物学驱动的features自动清除肿瘤样本特异性等批次效应。
所谓有参 RNAseq,主要是指有参考序列的 RNAseq 分析,如图所示,对于有参RNAseq 不需要对转录本进行拼接,而是将测序数据与参考基因组序列进行短序列比对,所有分析内容基于比对结果进行计算,包括差异表达基因筛选,可变剪切,预测新转录本等分析。 RNAseq denovo 分析中, 需要先进行拼接,拼接出一个基因集,然后将这个基因...
整合分析是指将RNA-seq数据与其他类型的数据(如基因组、表观遗传组、蛋白质组等)进行联合分析,以获得更全面的生物学理解。整合分析可以帮助揭示基因调控网络、蛋白质-蛋白质相互作用和调控机制等。例如,结合ATAC-seq数据可以研究基因调控区的开放状态,结合ChIP-seq数据可以研究转录因子的结合位点,结合蛋白质组数据可以...
基于转录与染色质开放性的高度相关，研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系；从中鉴定了446个核心转录因子，并推测它们可能与小麦遗传转化效率的品种间差异有关；通过对比小麦和拟南芥的再生过程，发现了愈伤组织诱导前期被激活的转录因子家族存在差异：...
3.与scRNA-seq中T细胞相关的转录因子调控网络 SCENIC的分析预测了T细胞中转录因子的关键调控网络。RUNX3,GATA3,IRF4,TBX21和EOMES(五个核心TF)将成为控制LUAD-Tcell的核心枢纽(图4A-4B)。利用Cytoscape可视化预测的TFs及其靶基因,...
Opaque2(O2)是一种转录因子,在玉米胚乳发育过程中起着重要作用。O2基因的突变可以提高玉米种子的营养价值,但也会降低农艺质量。为了揭示O2的转录调控框架,对O2突变体进行RNA-seq,并利用ChIP-seq确定O2的DNA结合区域。 RNA-seq分析发现1605个差异表达的基因(DEGs)和383个差异表达的lncRNAs。DEGs涵盖广...