用于寻找组间显著表达变化的基因,DESeq2主要使用负二项分布的模型来进行差异分析。 2.edgeR 无生物学重复时使用。edgeR是一个研究重复计数数据差异表达的Bioconductor软件包。基于负二项分布的统计方法,包括经验贝叶斯估计、精确检验、广义线性模型和准似然检验。 后续还可以进行KEGG,GSEA,GO富集分析 转录组数据分析所需...
1 / 17 R R NA- - seq( ( 转录组学) ) 的分析流程和原理 在开始详细讲解 RNA 测序之前,我们先来了解一下它的基本步骤: 1. 建库:提取 RNA,富集 mRNA 或消除 rRNA,合成 cDNA 和构建测序文库。 2. 测序:然后在高通量平台(通常是 Illumina)上进行测序(每个样本测序reads 在 DNA 测序中,读数是对应于...
DRIMSeq 在差异转录物使用分析中的应用 Brooks 等人制作的 pasilla 数据集。研究的目的是鉴定受 pasilla 蛋白调控的外显子,该蛋白是哺乳动物 NOVA1 和 NOVA2(已被充分研究的转录物使用因子)的黑腹果蝇同源物。在他们的RNA-seq实验中,文库是从7个生物独立的样本中制备的:4个对照样本和3个敲除 pasilla 的样本。...
百度试题 题目1.转录组测序分析和RNA-Seq 相关知识点: 试题来源: 解析反馈 收藏
·集成DRAGEN 二级分析,优化工作流程效率 简介 NextSeq 1000/1000-CN和NextSeq 2000/2000-CN RNA 测序(RNA-Seq) 解决方案( 以下统称“NextSeq 1000/2000 RNA-Seq 测序方案”)带来了清晰、完整的转录组视图,使之比以往更加易行。该解决方案搭载业界前沿的因美纳新一代测序技术(NGS),优化的边合成边测序(SBS)化学技...
在这项研究中,研究小组使用ATAC-seq结合RNA-seq数据分析确定了多柔比星耐药MCF7细胞中染色质开放性和基因转录组谱的关系。对存在开放性差异的区域(DAR)的分析使得我们可以得知可能与这些变化有关的DNA调控序列、推测TF和TF结合谱。 研究结果 1. 获得性多柔比星耐药相关的关键基因的特征描述、功能和通路富集分析 ...
两个月包教包会学单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq、R语言医学会员免费学 开机开机卡机打开 32 0 医学科研临床铁死亡lncRNA五分文章套路视频(DCA决策曲线/升级版列线图医学会员免费学 开机开机卡机打开 10 0 医学科研临床NMF聚类识别肿瘤分子亚型文章套路医学会员免费学 开机开机卡机打开 9 0 CNS正刊 ...
RNA-seq能够全面快速地获取特定样品的所有转录本的信息,并且具有基因表达水平检测范围广,技术背景噪音低的优点,目前已经成为了转录组分析的首选方案。常规的RNA-seq文库构建方法较为繁琐,通常包括mRNA的分离,mRNA片段化,反转录合成cDNA第一链,cDNA第二链合成,双链cDNA末端修复和加腺苷酸A,接头的连接,PCR富集等步骤。
RNA-seq的counts值,RPKM, FPKM, TPM 的异同 现在常用的基因定量方法包括:RPKM, FPKM, TPM。这些表达量的主要区别是:通过不同的标准化方法为转录本丰度提供一个数值表示,以便于后续差异分析。 标准化的主要目的是去除测序数据的技术偏差:测序深度和基因长度。