Type Ⅰ的基因随着细胞周期表达的变化很可能是由于DNA到RNA的转录过程影响的,而调控转录过程的一个重要因素是转录因子(Transcriptional Factor, TF)——一种通过与DNA相互作用在转录水平参与基因表达调控的蛋白质。为了筛选出调节细胞周期进程的关键TF,利用回归算法研究TF的剪接后RNA表达水平与靶基因未剪接RNA转录水平的相...
因此,为了确定在水稻条纹病毒感染过程中可能发挥关键调节作用的转录因子,作者使用ATAC-seq中确定的上游基序在DEG数据中搜索转录因子,共发现34个转录因子。为了进一步验证RNA-seq中这些转录因子的转录变化,作者选择了8个已被报道与水稻生物胁迫有关的基因(OsWRKY77、OsERF91、OsWRKY45、OsWRKY28、OsJAMYB、OsWRKY12、Os...
作者使用ATAC-seq和RNA-seq联合分析的方法,揭示了在木瓜成熟过程中用1-甲基环丙烯(1-MCP)处理后不同时间的染色质可及性的差异,并挖掘出了在1-MCP处理下影响果实成熟的关键转录因子以及靶标基因。
Step4:RT-PCR验证转录表达。 文章小结 文章用到的方法都是常见分析内容,但需要整体数据分析的逻辑性。从所有细胞类型,先注释找到有用的细胞,再从中找到关键类型,再细分亚群。将基因用WGCNA分析划分模块,再找到与性状最相关的模块,结合RNA-seq差异结果,韦恩图筛选共有基因,同时完成表达量的验证。转录因子注释属于优中...
整合分析是指将RNA-seq数据与其他类型的数据(如基因组、表观遗传组、蛋白质组等)进行联合分析,以获得更全面的生物学理解。整合分析可以帮助揭示基因调控网络、蛋白质-蛋白质相互作用和调控机制等。例如,结合ATAC-seq数据可以研究基因调控区的开放状态,结合ChIP-seq数据可以研究转录因子的结合位点,结合蛋白质组数据可以...
有一个老师问,目前已经有了一个转录因子ChIP-seq的结果,之前也有做过RNA-seq,但是他不知道怎么可以更好的利用这两者数据进行深入的挖掘分析。正好想起来前几天内部交流的一个PPT,恰好可以解决老师的问题,讲的正是ChIP-seq和RNA-seq联合分析的内容。下面我们就来分享一下这个神器。
基于转录与染色质开放性的高度相关，研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系；从中鉴定了446个核心转录因子，并推测它们可能与小麦遗传转化效率的品种间差异有关；通过对比小麦和拟南芥的再生过程，发现了愈伤组织诱导前期被激活的转录因子家族存在差异：...
ArchR实现了一种改进的方法,在独立样本上调用峰值,然后保留可重现的峰值。Fisher在edgeR中的精确测试在细胞簇之间进行测试,以揭示每种细胞类型的不同可访问区域。为了鉴定不同细胞类型中富集的基序,HOMER或chromVAR可用于snATAC-seq数据的转录因子分析,尽管遗传背景将严重影响哪些转录因子基序富集。
所谓有参 RNAseq,主要是指有参考序列的 RNAseq 分析,如图所示,对于有参RNAseq 不需要对转录本进行拼接,而是将测序数据与参考基因组序列进行短序列比对,所有分析内容基于比对结果进行计算,包括差异表达基因筛选,可变剪切,预测新转录本等分析。 RNAseq denovo 分析中, 需要先进行拼接,拼接出一个基因集,然后将这个基因...
3.与scRNA-seq中T细胞相关的转录因子调控网络 SCENIC的分析预测了T细胞中转录因子的关键调控网络。RUNX3,GATA3,IRF4,TBX21和EOMES(五个核心TF)将成为控制LUAD-Tcell的核心枢纽(图4A-4B)。利用Cytoscape可视化预测的TFs及其靶基因,...