图3 BulkRNA-seq样本的WGCNA。(A)共表达基因的树状图,不同模块用不同的颜色标记;(B)脓毒症样本中的模块-特征关系,蓝色表示负相关,红色表示正相关;(C)UTI的模块成分和基因含义之间的相关性;(D)使用GO 富集分析对天蓝色模块进行...
首先,你需要一个基迪奥这样的靠谱公司,有上千例植物单细胞测序经验,又有过硬的生信分析技术——scRNA、bulk RNA、WGCNA、转录因子分析手到擒来。通过生信方法的联合筛选和验证,最终得到目标转录因子调控网络,qPCR小小验证一下就好。(真的很多客户在不靠谱的公司测完,又来基迪奥返工,反而是浪费了时间) 其次,你需要一...
scRNA-seq数据分析:首先通过scRNA-seq数据分析,关注特定生物学过程(如氧化应激、缺氧、氨基酸代谢等)相关基因在不同细胞群间的表达异质性。这一步能够识别出在特定条件下具有独特表达模式的基因和细胞群。 bulk RNA数据分析:接着,使用bulk RNA测序数据进一步筛选这些特定条件下差异表达的基因,并探究其可能的转录因子调...
细胞成分主要集中在细胞外区域、转录因子复合物和染色质中(图 2C)。在分子功能类别中,差异 T 细胞标记基因主要与相同的蛋白质结合、信号受体结合和 DNA 结合转录激活因子活性、RNA 聚合酶 II 特异性相关(图 2D)。KEGG分析结果表明这些基因与癌症、人类T细胞白血病病毒1感染、细胞凋亡途径和IL-17信号通路显著相关(...
一、 分析内容 流式或LCM样本具体是对某个细胞类型或者亚型区域的样本进行普通转录组测序(bulk RNA-seq),所以该方法得到的测序数据就是代表单个细胞类型或者组织区域的基因表达特征数据,所以普通转录组与单细胞转录组测序(scRNA-seq)数据的关联分析主要就是结果的相互验证和双维度的诠释细胞/基因的表达机制。
本研究通过结合单细胞RNA(scRNA)和bulk-seq测序数据的生物信息学分析,研究了IRG在AD中的表达特征和可能的调控机制。 1.AD中PBMC的scRNA分析 分析了来自GEO数据库的scRNA测序数据集(GSE181279),其中包括36849个PBMC,包括来自AD患者的22775个细胞和来自对照组(NC)的14074个细胞。过滤后,保留了24679个细胞,包括来自...
scRNA-seq数据分析:首先通过scRNA-seq数据分析,关注特定生物学过程(如氧化应激、缺氧、氨基酸代谢等)相关基因在不同细胞群间的表达异质性。这一步能够识别出在特定条件下具有独特表达模式的基因和细胞群。 bulk RNA数据分析:接着,使用bulk RNA测序数据进一步筛选这些特定条件下差异表达的基因,并探究其可能的转录因子调...
对illumina数据进行处理,利用 RNA-Seq 发现新的 RNA 变体和剪接位点,或量化 mRNA 以进行基因表达分析等。对两组或多组样本的转录组数据,通过差异表达分析和对所发现的差异表达基因集合进行功能富集分析以推断生物学功能。 数据准备: 数据下载: Humangenome(GRCh38/hg3):Index of /goldenPath/hg38/chromosomes (ucs...
联合分析Bulk RNA-Seq与单细胞测序数据，可对肿瘤组织内的细胞群进行鉴定与细分，探究不同细胞群间基因表达的异质性，并获取与肿瘤相关的细胞群、通路、转录因子及特征基因集。对于三阴乳腺癌患者，通过单细胞测序发现不同的细胞亚群，如CTL、MyCAFs、iCAFs、dPVL和imPVL，并分析其特征基因集与免疫逃逸的...
通过对无菌小鼠及正常小鼠的肠道上皮细胞转录组进行比较分析,可发现受肠道菌群丰度调控的差异表达分子,继而通过一系列分子细胞实验探究关键分子在脂质代谢中的作用。 ▶运用bulk组学的目的:bulk RNA-seq比较了常规饲养小鼠与无菌小鼠(各2例)小肠上皮细胞中的基因表达差异,发现42个差异表达的lncRNA编码基因,其中Snhg9...