PART 04单细胞测序与Bulk RNA-Seq联合分析 联合分析可以对肿瘤组织的单细胞或空间转录组数据进行细胞群鉴定及亚群细分,探究不同细胞群间基因的表达异质性,获取与肿瘤相关的细胞群、通路、转录因子及特征基因集。对不同部位样本进行Bulk RNA-Seq,可以分析重点基因marker 的表达量变化趋势,评估其对免疫及代谢通路的影响。
图3 BulkRNA-seq样本的WGCNA。(A)共表达基因的树状图,不同模块用不同的颜色标记;(B)脓毒症样本中的模块-特征关系,蓝色表示负相关,红色表示正相关;(C)UTI的模块成分和基因含义之间的相关性;(D)使用GO 富集分析对天蓝色模块进行...
流式或LCM样本具体是对某个细胞类型或者亚型区域的样本进行普通转录组测序(bulk RNA-seq),所以该方法得到的测序数据就是代表单个细胞类型或者组织区域的基因表达特征数据,所以普通转录组与单细胞转录组测序(scRNA-seq)数据的关联分析主要就是结果的相互验证和双维度的诠释细胞/基因的表达机制。 01 两组学的相关性分析...
首先,你需要一个基迪奥这样的靠谱公司,有上千例植物单细胞测序经验,又有过硬的生信分析技术——scRNA、bulk RNA、WGCNA、转录因子分析手到擒来。通过生信方法的联合筛选和验证,最终得到目标转录因子调控网络,qPCR小小验证一下就好。(真的很多客户在不靠谱的公司测完,又来基迪奥返工,反而是浪费了时间) 其次,你需要一...
Bulk RNA分析 作者随后对AD患者脑组织的bulk RNA数据进行差异分析和富集分析,富集结果与上述NK cluster的DEGs的富集分析结果高度相似。 3.4 共同IRGs和关键转录因子 作者将NK cluster的IRGs和AD患者脑组织的IRGs取交集,得到70个共同的IRGs(下图A) 取top40进行展示,发现这些IRGs在NK细胞中均有明显表达(下图B) ...
图3 高、低FeAS GBM细胞转录因子激活差异 补充图1 补充图2 高FeAS GBM中免疫相关通路的选择性激活 基于对TCGA数据库中GBM样本的GSVA算法的GO和KEGG富集分析表明,高FeAS GBM样本与免疫相关通路的激活相关(图4A和B)。通过单细胞RNA-seq分析验证GO/KEGG富集分析,可以得到类似的结论(图4C和D)。与此同时,基于bulk ...
3541 1 34:54 App pyscenic单细胞转录因子分析视频教程 384 -- 2:34 App 单细胞RNA-seq分析方法【八】细胞类型注释 382 -- 2:10 App 单细胞RNA-seq分析方法【四】筛选高可变基因 383 -- 5:33 App 单细胞RNA-seq分析方法【二】质量控制 435 -- 2:31 App 单细胞RNA-seq分析方法【六】无监督聚...
细胞成分主要集中在细胞外区域、转录因子复合物和染色质中(图 2C)。在分子功能类别中,差异 T 细胞标记基因主要与相同的蛋白质结合、信号受体结合和 DNA 结合转录激活因子活性、RNA 聚合酶 II 特异性相关(图 2D)。KEGG分析结果表明这些基因与癌症、人类T细胞白血病病毒1感染、细胞凋亡途径和IL-17信号通路显著相关(...
今天光宝带来的文章便是借助公共数据的单细胞RNA-seq数据开展上述的调控子(Regulon)分析:单细胞RNA-seq数据从中推断出转录因子(TF)定向共表达网络(调控子),然后利用bluk RNA-seq数据加以验证。轻松实现单细胞分析的高级玩法~感兴趣的小伙伴快学起来(ps:没有思路、不知道怎么创新的找光宝,超多个性化的分析思路供你选...
(文章同时做了bulk RNA Seq和single cell RNA Seq)和染色质分析(ATAC-Seq)发现了新的树突状细胞(Dendritic Cell, DC)亚型,将以往的树突状细胞cDC2分为两个亚型,这两类DC细胞主要差异表达T-bet(一个T细胞相关转录因子)和RORγt(粘膜表面的一种多功能核受体,也是一种转录因子),而且研究表明这一发现在人和小鼠...