在这21个基因中,11个基因在OE- ZmCCT植物中上调,而其余10个基因下调。 图4.DAP-seq鉴定ZmCCT的靶基因 5.ZmCCT直接调控与光周期依赖性开花时间相关的基因 DAP-Seq和RNA-Seq联合分析确定了10个与调控开花相关的ZmCCT潜在靶基因。为了研究ZmCCT是否可以调控这些潜在靶基因的表达,在烟草叶片中进行了双荧光素酶瞬时转录...
在RNA-seq和ATAC-seq联合分析结果中,具有开放-DACR介导的上调和封闭-DACR中介的下调关系的基因被标记为红色。其中,349个开放-DACR介导的下调相关基因和126个封闭-DACR中介的下调相关基因被鉴定。通过整合RNA-seq和ATAC-seq分析获得的这些基因可能在RSV感染或RSV与宿主蛋白之间的相互作用中发挥重要作用,因此需要进一步研究...
RNA-seq是从整体组织或细胞的转录水平,系统研究基因的转录图谱,其测定的数据中除了转录因子的表达信息外,还有其它基因的测定结果;ATAC-seq则是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,得到全基因组范围内蛋白质可能结合的位点信息,从而筛选感兴趣的特定转录因子(在实际应用中ATAC-seq通常会与其他测序如RNA-seq、ChIP-s...
单细胞转录组学已经彻底改变了我们对人类心脏细胞组成和相关基因表达的理解。新兴的单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术已经被用于全面描述心脏发育、稳态和疾病。构建人类细胞图谱需要对来自不同样本的人类组织进行表达谱分析。然而,有三个主要障碍阻碍了这项技术在研究心脏组织中的广泛应用:难以分离CMs、应激诱导基因激活的伪迹...
GRO-seq (Global nuclear Run-On sequencing)是一种专门测量新生RNA的方法,可用于系统鉴定eRNA分子。 更多 RIP-seq RIP(RNA Immunprecipitation)是研究细胞内 RNA 与蛋白结合情况的技术,适用于研究转录后调控网络动态过程, 能帮助我们发现特定蛋白质的目标 RNA 分子,包括 lncRNA、mRNA 或其他非编码 RNA。RIP 实验运...
传统方法是采用 ChIP-Seq 实验的方法,但是该方法一次只能在一个细胞样本里面检测一个转录因子。要想在大规模样本中分析 1000 多种转录因子,该方法存在多种局限性,譬如成本太高、不是所有的转录因子都有适用于 ChIP-Seq 实验的抗体。 经过各种探索,赵永兵打算采用基于计算的方法,利用 ATAC-Seq/DNase-Seq 和 RNA-...
Opaque2(O2)是一种转录因子,在玉米胚乳发育过程中起着重要作用。O2基因的突变可以提高玉米种子的营养价值,但也会降低农艺质量。为了揭示O2的转录调控框架,对O2突变体进行RNA-seq,并利用ChIP-seq确定O2的DNA结合区域。 RNA-seq分析发现1605个差异表达的基因(DEGs)和383个差异表达的lncRNAs。DEGs涵盖广...
ATAC-seq技术是使用高通量测序对Tn5转座酶易接近性染色质区域(开放染色质区域)进行测序分析的一种表观遗传学研究技术。该技术通常和RNA-seq技术联合应用于:开放染色质区域预测、转录因子结合位点及转录调控机制。 ATAC-seq和RNA-seq是发育、疾病、肿瘤、胁迫、药物等研究领域常用的表观多组学技术组合。
这篇文章中,作者通过单细胞RNA-seq定义了小鼠肿瘤浸润NK细胞的转录图谱。条件性敲除NK细胞HIF-1α会导致肿瘤生长减缓,提高肿瘤浸润NK细胞的活性marker、效应分子表达,并增强NF-κB信号通路。髓系细胞来源的IL-18可以激活NF-κB信号通路,...
首先,我们基于RNA-seq表达谱使用加权相关网络分析(WGCNA)鉴定共表达模块。 然后,进行贝叶斯网络分析以推断共表达模块中基因之间潜在的调控关系。我们使用了bnlearn R包来执行分析并测量网络中有向边的强度。然后,所有的边缘按照强度的降序排序,只有边缘等于75%的边缘被保留。此外,删除了连接未被共同表达确认的边缘。