因此,为了确定在水稻条纹病毒感染过程中可能发挥关键调节作用的转录因子,作者使用ATAC-seq中确定的上游基序在DEG数据中搜索转录因子,共发现34个转录因子。为了进一步验证RNA-seq中这些转录因子的转录变化,作者选择了8个已被报道与水稻生物胁迫有关的基因(OsWRKY77、OsERF91、OsWRKY45、OsWRKY28、OsJAMYB、OsWRKY12、Os...
RNA-seq可以单独用于转录组谱系分析,也可以与其他功能基因组学方法结合使用以增强基因表达分析。最后,RNA-seq可以与不同类型的生化分析方法相结合,分析RNA生物学的许多其他方面,如RNA-蛋白结合、RNA结构或RNA-RNA相互作用。然而,由于本文的重点是“典型”的RNA-seq,因此这些应用超出了本文的范围。 每一个RNA-seq实验...
RNA-seq是从整体组织或细胞的转录水平,系统研究基因的转录图谱,其测定的数据中除了转录因子的表达信息外,还有其它基因的测定结果;ATAC-seq则是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,得到全基因组范围内蛋白质可能结合的位点信息,从而筛选感兴趣的特定转录因子(在实际应用中ATAC-seq通常会与其他测序如RNA-seq、ChIP-s...
Step4:RT-PCR验证转录表达。 文章小结 文章用到的方法都是常见分析内容,但需要整体数据分析的逻辑性。从所有细胞类型,先注释找到有用的细胞,再从中找到关键类型,再细分亚群。将基因用WGCNA分析划分模块,再找到与性状最相关的模块,结合RNA-seq差异结果,韦恩图筛选共有基因,同时完成表达量的验证。转录因子注释属于优中...
整合分析是指将RNA-seq数据与其他类型的数据(如基因组、表观遗传组、蛋白质组等)进行联合分析,以获得更全面的生物学理解。整合分析可以帮助揭示基因调控网络、蛋白质-蛋白质相互作用和调控机制等。例如,结合ATAC-seq数据可以研究基因调控区的开放状态,结合ChIP-seq数据可以研究转录因子的结合位点,结合蛋白质组数据可以...
Opaque2(O2)是一种转录因子,在玉米胚乳发育过程中起着重要作用。O2基因的突变可以提高玉米种子的营养价值,但也会降低农艺质量。为了揭示O2的转录调控框架,对O2突变体进行RNA-seq,并利用ChIP-seq确定O2的DNA结合区域。 RNA-seq分析发现1605个差异表达的基因(DEGs)和383个差异表达的lncRNAs。DEGs涵盖广...
基于转录与染色质开放性的高度相关，研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系；从中鉴定了446个核心转录因子，并推测它们可能与小麦遗传转化效率的品种间差异有关；通过对比小麦和拟南芥的再生过程，发现了愈伤组织诱导前期被激活的转录因子家族存在差异：...
有一个老师问,目前已经有了一个转录因子ChIP-seq的结果,之前也有做过RNA-seq,但是他不知道怎么可以更好的利用这两者数据进行深入的挖掘分析。正好想起来前几天内部交流的一个PPT,恰好可以解决老师的问题,讲的正是ChIP-seq和RNA-seq联合分析的内容。下面我们就来分享一下这个神器。
除了传统的 mRNAseq 测序,目前又逐渐开发除了其他非编码 RNA 的测序,包括长链非编码RNA(LncRNA) 测序,小 RNA (Small RNA),环状 RNA(circRNA)以及全转录组测序,单细胞转录组测序,转录调控因子测序,蛋白质组学测序,代谢组学测序等。 二、RNAseq 研究 10 年 ...
ArchR实现了一种改进的方法,在独立样本上调用峰值,然后保留可重现的峰值。Fisher在edgeR中的精确测试在细胞簇之间进行测试,以揭示每种细胞类型的不同可访问区域。为了鉴定不同细胞类型中富集的基序,HOMER或chromVAR可用于snATAC-seq数据的转录因子分析,尽管遗传背景将严重影响哪些转录因子基序富集。