经过hisat2比对及格式转换之后,我们得到了多个bam文件,文件中包含了每个reads在基因组上的比对信息,下面我们要使用Stringtie将其组装并得到具体的基因表达量信息。 Stringtie介绍 StringTie 是一种快速高效的将 RNA-Seq 比对到潜在转录本的组装程序。 它使用新的网络流算法以及可选的从头组装步骤来组装和定量代表每个基因...
通过hisat2比对及格式转换，我们获得了包含reads在基因组上比对信息的bam文件。下一步，我们需要使用Stringtie对这些数据进行组装，并获得基因表达量信息。StringTie是一个用于将RNA-Seq比对到潜在转录本的快速高效程序。它利用新的网络流算法和可选的从头组装步骤，将多个剪接变体的全长转录本组装并定量。Str...
out.matrix > deseq2_input.tx 结果:查看文件的行数,删除未检测到表达基因的行数 ###查看文件的行数 wc -l output.matrix wc -l deseq2_input.txt
上一篇推文讲了bulk RNA-Seq 的比对到参考基因组部分,接下来就是基因表达定量了。计算表达定量可以用StringTie、Htseq-cout、featureCounts,这里推荐使用featureCounts。featureCounts 是Rsubread软件包里的一个命令,所以安装R版本Rsubread的即可。这里使用了一个脚本,在运行featureCounts 的同时,计算FPKM、TPM。 安装相关的R...
做RNA-seq,我们会得到一个纵轴是gene,横轴是样品的表达矩阵,如果用RPKM/FPKM定量,材料i所有基因的表达量之和与材料j的不一定相同(表达矩阵的两列),不适合材料之间的比较,可用于同一材料比较不同基因的表达水平;用TPM定量,任意材料所有基因的表达量之和都是1,可用于比较不同材料间的基因表达。
转录组测序是最常用的组学实验,对全谱基因定量,找到差异表达基因。RNAseq涉及到原始数据,数据质控,基因组比对,差异基因鉴定,差异基因功能富集分析,重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等,我们用10讲的时间,全面讲解转录组测序报告,及在上百个项目中遇到的近百个常见问题。
nf-core / circrna是一种生物信息学流水线,用于定量,miRNA靶标预测和RNA测序数据中存在的circRNA的差异表达分析(当前支持总RNA-Seq配对末端测序数据,已映射至智人Gencode参考基因组GRCh37, GRCh38 v34)。 pipleline已以模块化方式开发,除了circRNA定量外,还允许用户选择miRNA靶标预测,差异表达分析(或两者),以促进围...
RSEM是对基因进行表达定量的一个软件,是基于STAR序列对比的基础之上进行的。而kallisto不需要进行比对可以直接定量。 安装 conda install rsem 安装RSEM时,solving enviorment一直不动,更新conda【conda upgrade --all】并且【conda config --set channel_priority flexible】设置channel ...
RNA-seq转录组分析入门实战06-表达定量发布于 2020-01-11 11:36 · 671 次播放 赞同1添加评论 分享收藏喜欢 举报 核糖核酸(RNA)基因组学生物信息学转录组 写下你的评论... 还没有评论,发表第一个评论吧相关推荐 5:39 铜钱大幅度贬值,但沈万三却大量收购铜钱 潘潘追剧 · 2493...
4.利用 TEtranscripts 进行定量和差异分析, 可以直接得到DESeq2的结果 TEtranscripts -t treatment.bam -c control.bam --GTF SollycM82_genes_v1.1.0_1.gtf --TE M82_TE.gtf --mode multi --project name 4.1 针对每一个样本进行定量,然后就和基因的DESeq2分析一样了 ...