如Expression of hub genes of endothelial cells in glioblastoma-A prognostic model for GBM patients integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing中下图所示 最初我完成该图的方法是用含有基因表达的热图,然后截图或者PS成只有临床指标。这里介绍使用ComplexHeatmap直接完成该图。 一 载入R包,数...
热图(heatmap)在RNA-seq数据中表示不同组织/细胞等样本或重复之间不同基因或重复序列等的表达水平差异。同时也可以通过聚类的方式呈现不同样本中不同基因的表达变化,从而呈现差异结果。而这种差异可以通过热图更好的可视化出来。 数据准备 在我们绘制热图之前,首先需要我们已经标准化后的RNA-seq相对定量结果。我们对于标...
2、对差异基因进行绘制,步骤都类似,在进行绘制时,应对数据进行一定处理 1##DEseq2 获得dds2dds <-DESeq2(dds)3res <-results(dds)4res <-res[order(res$padj),]5DEG <-as.data.frame(res)67##去掉NA8DEG <-na.omit(DEG)910##热图11library(pheatmap)12choose_gene <- head(rownames(DEG),100)#...
一、热图的常见呈现形式? 虽然“热图”只有两个字,但是基于Bulk RNA-seq的热图的具体呈现形式是五花八门的,具体由哪些形式呢?为了回答这个问题,我在心血管领域顶级期刊Circulation上进行了检索: 然后手动参看上述199篇文章的内容,然后,汇总出下面一张图: 二、使用热图的常见目的? 有了上述的一张图,那其实就可以推...
数据:RNA-SEQ原始counts表达矩阵。 工具:Rstudio。 步骤: 筛选差异基因。 做热图。 ##绘制热图###绘制热图,需要原始counts矩阵和表型矩阵。library(pheatmap)library(ggplot2)library(ggrepel)library(export)setwd("E:/2022/")dat<-read.table("原始数据/counts_matrix_symble.txt",header=TRUE)View(dat)##rows...
RNA-seq数据分析:从差异基因到关键基因的进一步筛选 贝纳基因 1680 0 48:06 KEGG通路分析 有编制的弼马温 6.3万 81 06:44 微生信平台在线GO、Pathway富集分析操作及结果说明 微生信课堂 6.4万 5 12:04 RNA-seq详细步骤及原理|高通量测序每一步到底做了啥? 迪普测评 2.8万 13 18:26 RNA测序(...
首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开聚类热图绘制页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。也可以在主页搜索框中搜索heatmap,找到绘图页面。 bioinformatics.com.cn/p 图2.可视化绘图页面 2,示例数据 点击右侧“示例数据”链接下载excel格式的示例数据。 图3. 输入数据示例 示...
这个文章跟着之前的文章完整转录组RNAseq分析流程(tophat2+cufflink+cuffdiff)用了之前分析的 cuffdiff 的结果,参考视频https://www.bilibili.com/video/BV1gW411Y7Qf 文中用到的hic的数据由于是别人的东西,就不方便放出来,可以看一下孟叔视频,加群后可以在群文件下载 ...
使用R从RNA-seq数据绘制热图代码 使⽤R从RNA-seq数据绘制热图代码 ⽂/伍鸿荣 要做热图，⾸先我们是要准备好数据，⽐如说TCGA的rna-seq，或者你⾃个测有的数据。然后可能利⽤deseq 包进⾏差异分析。⽐如说作者提出的⽤阿扎胞苷对AML3细胞影响的基因表达谱数据。数据筛选：在热图上绘制所有5704个...
生信教学:limma差异分析标准化箱式图热图标记火山图 春秋至-生信碱移 【百迈客云】-转录组测序-转录组数据分析-差异表达基因分析 粒粒皆辛苦喔 48:06 KEGG通路分析 有编制的弼马温 6.4万81 12:04 RNA-seq详细步骤及原理|高通量测序每一步到底做了啥?