在RNA-Seq下游的可视化分析过程中,除了火山图,通过热图展示整体的结果内容同样是一个十分常见的内容。在此,可以使用plot_heatmap.expr()函数来进行热图的绘制。而且,plot_heatmap.expr()函数主要基于ComplexHeatmap包的内容来进行构建,得到的图形还是比较美观的。 首先,读取测序样本的Count数据以及样品的相关处理信息。
show_rownames = T) Step3、样本层次聚类热图 这里只是简单的评估,详细原理与讲解可以看Biomamba大佬的:R语言基础| 聚类分析 # 计算距离d TreeData <- dist(t(log2(exp_TPM + 1)),method = "euclidean") # 执行层次聚类分析 Treeresult <- hclust(TreeData,method = "complete") 上述两步都有多种方法...
做RNAseq,蛋白组学等,当我们需要展示许多基因的表达谱变化时,可以绘制热图,可以绘制两组,多组,特定功能基因群热图,多个比较组差异倍数变化等热图的绘制,也可以选择性的展示特定基因。 4GO/PAthway常用展示图绘制 我们拿到差异基因,会对差异基因进行GO、Pathway富集分析,以了解基因参与的生物学过程及涉及到的通路。在写...
大佬的题目如下:通过一篇science文章,理解两种RNA-seq表达矩阵在数据分析的时候是否相同(大佬的意思是通过PCA和heatmap来看一下)。 稍微介绍 一下背景 Counts值 对给定的基因组参考区域,计算比对上的read数,又称为raw count(RC),也就我通常说的相对原始的数据,是没进行任何标准化操作的数据。 计数结果的差异的影响...
使用R从RNA-seq数据绘制热图代码 使⽤R从RNA-seq数据绘制热图代码 ⽂/伍鸿荣 要做热图，⾸先我们是要准备好数据，⽐如说TCGA的rna-seq，或者你⾃个测有的数据。然后可能利⽤deseq 包进⾏差异分析。⽐如说作者提出的⽤阿扎胞苷对AML3细胞影响的基因表达谱数据。数据筛选：在热图上绘制所有5704个...
聚类分析,是 RNA 分析中非常常用的一个手段。通过多个样本的全基因表达谱对比,从而找到它们之间的相似性和相近关系。 下图是一张聚类分析的热图,横轴是样本,纵轴是基因,框内红绿色块(一般还会配有图例)本质上是一个数值矩阵,框外线条表示聚类分析树形图。通过聚...
图3 RNA-seq聚类分析热图 3. RNA-seq和ChIP-seq数据之间的Venn图重叠分析 ChIP-seq得到的与ABF1V 关联的3882个基因,通过Venn图重叠分析发现在ABF1V株系和WT-D中有242个OsABF1结合基因被上调。这些基因被认为是OsABF1直接调控干旱胁迫下的候选靶基因。
要做热图,首先我们是要准备好数据,比如说TCGA的rna-seq,或者你自个测有的数据。然后可能利用deseq 包进行差异分析。比如说作者提出的用阿扎胞苷对AML3细胞影响的基因表达谱数据。 数据筛选:在热图上绘制所有5704个FDR调整p值<> Read the count matrix and DESeq table into R and merge into one table ...
差异基因聚类热图---体现样本聚类和基因聚类 聚类热图体现了2个层次的聚类,一般会在横轴和纵轴的位置展示。如下图横轴顶部的线图,展示了样本的聚类;而下图左侧线图,可以将不同样本中表达模式相同或相似的基因聚为一类,这样的聚类有助于推测未知基因功能或已知基因是否具有新功能。 5 差异基因韦恩图---用于寻找“交...