聚类热图是生物医学论文中最常见的一类图。一般情况下我们认为cluster(聚类)、heatmap(热图)两个词表达的是同一个意思,往往相互替代。然而这两个词还是有区别的,cluster是数据处理,heatmap是数据展示。其过…
KEGG, GO,基因表达量及预后分析 I_am_Becky 4.1万22 40:22 RNA-Seq数据分析培训 LinglingZheng 15791 48:06 KEGG通路分析 有编制的弼马温 6.5万81 微生信平台在线GO、Pathway富集分析操作及结果说明 微生信课堂 【简介区免费领课】【生信分析-15】GO+KEGG结果怎么看?图片怎么摆?
#在原来的dataframe里加一列,列名是trend;然后再加一列,列名是rank,把矩阵里的基因按照log2 fold change的排列分别加上编号“1,2,3...”;最后再加一列,列名是hits,这一列先都赋值为“medium” > P_vs_Q <- data.frame(P_vs_Q,'trend'=up_or_down,'rank'=1:nrow(P_vs_Q),'hits'='medium',st...
它与聚类热图相同,常用于呈现多样本基因的差异性表达(RNA-Seq),通过使用颜色由深至浅的变化来清晰地展示多个样本中基因的表达量高低。本质是利用matrix中两两值的相关系数作为依据,对多组值进行层级聚类。利用差异基因的表达值绘制聚类热图,来查看基因在不同样本中的表达差异情况,或者比较不同聚类分组之间的差异。#...
热图说明: 1)由于pheatmap参数众多,这里仅设置了一些常用的参数 2)颜色默认是红白蓝,可以根据喜好设置成红黑绿等颜色 3)参数“要显示的名字”可以控制是否显示基因名或者样品名。一般来说,当基因数少于50个时可以显示基因名;当样品数小于20 个时,可以显示样品名。否则图的文字会重叠,不美观。
聚类热图是生物医学论文中最常见的一类图。一般情况下我们认为cluster(聚类)、heatmap(热图)两个词表达的是同一个意思,往往相互替代。然而这两个词还是有区别的,cluster是数据处理,heatmap是数据展示。其过程是:用我们拿到的表达矩阵根据不同的聚类方法和不同的距离算法算出另外一个矩阵,然后对这个矩阵进行上色,以he...
单细胞RNA-seq分析教程【一】测序原理 Timo的生信笔记 6116 0 04:54 KEGG之代谢通路分析 博莱克代谢组学 2.2万 2 01:17 RNA-seq数据分析:从差异基因到关键基因的进一步筛选 贝纳基因 713 0 14:12 火山图、热图怎么做?教你5分钟速成差异基因分析 善木科研 1.4万 0 1:51:09 RNA-Seq入门 生信...
热图说明: 1)由于pheatmap参数众多,这里仅设置了一些常用的参数 2)颜色默认是红白蓝,可以根据喜好设置成红黑绿等颜色 3)参数“要显示的名字”可以控制是否显示基因名或者样品名。一般来说,当基因数少于50个时可以显示基因名;当样品数小于20 个时,可以显示样品名。否则图的文字会重叠,不美观。