聚类热图是生物医学论文中最常见的一类图。一般情况下我们认为cluster(聚类)、heatmap(热图)两个词表达的是同一个意思,往往相互替代。然而这两个词还是有区别的,cluster是数据处理,heatmap是数据展示。其过…
#在原来的dataframe里加一列,列名是trend;然后再加一列,列名是rank,把矩阵里的基因按照log2 fold change的排列分别加上编号“1,2,3...”;最后再加一列,列名是hits,这一列先都赋值为“medium” > P_vs_Q <- data.frame(P_vs_Q,'trend'=up_or_down,'rank'=1:nrow(P_vs_Q),'hits'='medium',st...
RNA-seq分析之如何用R中的ggplot可视化基因表达数据火山图 小云爱生信 10480 利用在线平台进行KEGG和GO富集分析 奇奇怪怪大哈哈 微生信平台在线GO、Pathway富集分析操作及结果说明 微生信课堂 09:01 生信教学:limma差异分析标准化箱式图热图标记火山图 春秋至-生信碱移 ...
1)由于pheatmap参数众多,这里仅设置了一些常用的参数 2)颜色默认是红白蓝,可以根据喜好设置成红黑绿等颜色 3)参数“要显示的名字”可以控制是否显示基因名或者样品名。一般来说,当基因数少于50个时可以显示基因名;当样品数小于20 个时,可以显示样品名。否则图的文字会重叠,不美观。 4)默认在所有样品中值一样的整...
聚类热图是生物医学论文中最常见的一类图。一般情况下我们认为cluster(聚类)、heatmap(热图)两个词表达的是同一个意思,往往相互替代。然而这两个词还是有区别的,cluster是数据处理,heatmap是数据展示。其过程是:用我们拿到的表达矩阵根据不同的聚类方法和不同的距离算法算出另外一个矩阵,然后对这个矩阵进行上色,以he...
热图说明: 1)由于pheatmap参数众多,这里仅设置了一些常用的参数 2)颜色默认是红白蓝,可以根据喜好设置成红黑绿等颜色 3)参数“要显示的名字”可以控制是否显示基因名或者样品名。一般来说,当基因数少于50个时可以显示基因名;当样品数小于20 个时,可以显示样品名。否则图的文字会重叠,不美观。
热图说明: 1)由于pheatmap参数众多,这里仅设置了一些常用的参数 2)颜色默认是红白蓝,可以根据喜好设置成红黑绿等颜色 3)参数“要显示的名字”可以控制是否显示基因名或者样品名。一般来说,当基因数少于50个时可以显示基因名;当样品数小于20 个时,可以显示样品名。否则图的文字会重叠,不美观。