火山图(Volcano Plot)RNA-seq等分析时常用的一种图,它能够清晰地展示显著上调和下调的基因,因作出来的图形如火山喷发,故而得名。 例如图中,X轴一般表示log2的倍数变化,Y轴一般表示-log10(p-value),不同颜色的点表示满足不同条件的基因,红色表示上调基因(P<0.05, Fold change >=2),蓝色表示下调基因,灰色表...
关于DESeq2 安装DESeq2 使用流程 1.读入和处理数据 2.差异表达分析 2.1 一些需要提前构建的信息 2.2 开始进行差异表达分析 2.3 标准化 3.可视化 3.1展示某个基因的表达量 3.2 绘制热图 3.3 绘制火山图 经过表达定量,我们已经得到了基因的表达量矩阵,下面使用R包DESeq2进行差异表达分析 关于DESeq2 DESeq2是一...
内容: 在RNA-SEQ差异表达的基因数据中筛选目的基因。 2.用原始counts矩阵(或者标准化后的tpm/fpkm文件)数据做热图。 数据:RNA-SEQ原始counts表达矩阵。 工具:Rstudio。 步骤: 筛选差异基因。 做热图。 ##绘制热图###绘制热图,需要原始counts矩阵和表型矩阵。library(pheatmap)library(ggplot2)library(ggrepel)librar...
热图以特殊高亮的形式显示访客热衷的页面区域和访客所在的地理区,用在RNA-seq中,热图可以表示图中某一个位置的基因的表达水平高低。聚类热图可用于判断不同实验条件下差异基因的表达模式。每个比较组合都会得到一个差异基因集,将所有比较组合的差异基因集的并集在每个实...
RNA_seq 热图绘制 若已经拿到表达矩阵exprSet 若差异较大,进行log缩小不同样本的差距 1、热图全体 1##加载包2library(pheatmap)34##缩小表达量差距5exprSet <- log2(exprSet+1)67##取最大标准差前1000个基因名字8cg <-names(tail(sort(apply(exprSet,1,sd)),1000))910##标准化,只关注样品间基因差异,...
上一期我们讲了样本相关性分析的一些可视化,这一期我们来做差异分析的热图和火山图。 火山图 火山图(Volcano Plot)RNA-seq等分析时常用的一种图,它能够清晰地展示显著上调和下调的基因,因作出来的图形如火山喷发,故而得名。 例如图中,X轴一般表示log2的倍数变化,Y轴一般表示-log10(p-value),不同颜色的点表示...
5. 呈现一个具体通路中的基因在组间各个样本的表达情况 6. 呈现样本间的相关性 三、如何基于R生成热图? 下面将以“呈现组间具体的差异基因”为目的,展示基于R的实战过程。(想获得练习数据,可在公众号输入:Bulk RNA-seq练习数据3) 1.安装并加载R包(如果没有安装过相关R包,需要先安装,再加载) ...
3.选取差异基因绘制火山图和热图 一、DESeq2、edgeR、limma的使用 强烈建议查看官方说明书进行这三种差异分析的学习,链接在文章末尾给出。 注意,这三个包都需要输入counts进行分析,不能用tpm、fpkm等归一化后的数据。 承接上节RNA-seq入门实战(三):在R里面整理表达量counts矩阵和RNA-seq入门实战(二):上游数据的...
接着通过Y1H、GUS报告基因和LUC报告基因以及苹果愈伤组织转基因等试验明确了筛选出的转录因子在果实乙烯合成中的调控作用。 图1 RNA-Seq筛选到的乙烯生物合成和信号转导相关差异基因相对表达的热图(Li et al., 2022)。 1.2 ATAC-seq ATAC-Seq技术是一种研究表观遗传的创新型技术,它是一种在全基因组水平上通过...
差异基因韦恩图---用于寻找“交集” 韦恩图也叫文氏图,用于显示元素集合重叠区域的图示。对于RNAseq来说,至少有三个组别的样本才能绘制韦恩图。比如对于下图来说,A与B对比,差异表达基因有353+492个,B与C对比,差异表达基因有353+51个,那么同时在这2种比较里面都是差异表达的基因数目即为353个。