bulk RNA-seq | 下游分析 | 基因集富集分析 GSEA- clusterProfilermp.weixin.qq.com/s/Ky6ig9fTp6YdcgQ8ohxN1g 参考文章:bulk RNA-seq | 下游分析 | 基因集富集分析 GSEA- clusterProfiler参考文章: 1、科研小白要知道:新版TCGA数据分析实战——富集分析可视化,GO、KEGG、Reactome、Do、MSigDB的GSEA富集分析...
1、ssGSEA 单样本基因集富集分析(single sample gene set enrichment analysis, ssGSEA),原理上与GSEA类似,不同的是GSEA 主要用于检测不同实验组(如实验组和对照组)之间基因集富集差异,而ssGSEA将样本内基因表达谱进行归一化处理,然后计算每个基因集对应的ssGSEA得分。通过这种方式,ssGSEA将单个样本的基因表达谱转换...
RNA-seq下游分析 count_matrix图 Hh1图 matadata图 znk4图 res图 res1图 entrezid_log2fdc图 gseaKEGG_results图 go.res图 aaa图 library(DESeq2)count_matrix<-read.table("D:/R/1/c.txt",quote="\"")colnames(count_matrix)[1]='gene_id'class(count_matrix)Hh1<-count_matrix[,c(1,2,5,8...
如链接中官方介绍,airway包背景是使用地塞米松处理的四个人气道(支气管?)平滑肌细胞(即共8个数据)进行rna-seq实验,分析得到的基因表达矩阵。 if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("airway")library(airway)data(airway)airwayclass(airway) 如上返回结...
write.csv(resdata,file = "RNA-seq.csv") #查看上调下调基因 summary(res) #基础分析到这里就结束了,下面是可视化分析 参考:https://blog.csdn.net/qq_42458954/article/details/104078845 #提取差异OTU并进行注释 diff_OTU_deseq2 <-subset(res, padj < 0.05 & abs(log2FoldChange) > 1) ...
转录组测序成本降低，使得越来越多实验团队尝试RNA-seq，以期发现新思路。分析流程分为上游和下游，前者依赖服务器，后者则能通过R语言和相关包轻松完成。加载转录组测序数据，通常为测序后产生的计数矩阵，通过公司获取或从TCGA肿瘤数据库下载获得，确保数据为数据框格式。构建metadata文件指示分组信息，是进行...
RNA-seq下游分析-1 title: "xiaohe rnaseqNEW" output: html_document date: "2023-10-25" R Markdown 代码语言:text 复制 database <- read.table(file = "D:/huage1/rnaseq1014/xiaohe/output.matrix", sep = "\t", header = T, row.names = 1)...
简单介绍一下这个工具的使用方法,这里的示例数据集我用到的是论文Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie, and Ballgown中的数据集,这个论文中提供了转录组数据从头处理的整个流程,用到的示例数据集是人类一条染色体的数据,数据量也不大,非常适合我们入门转录组数据分析使用...
RNA-seq数据的下游分析网页工具不要太多,这里介绍一个最新的: Sundararajan Z, Knoll R, Hombach P, et al. Shiny-Seq: advanced guided transcriptome analysis[J].BMCresearch notes, 2019, 12(1): 432. 很普通的杂志,一般来说,纯粹的工具就是这样的命运!
RNA-seq数据的下游分析网页工具不要太多,这里介绍一个最新的: Sundararajan Z, Knoll R, Hombach P, et al. Shiny-Seq: advanced guided transcriptome analysis[J].BMCresearch notes, 2019, 12(1): 432. 很普通的杂志,一般来说,纯粹的工具就是这样的命运!