这里需要注意我们的reads是否具有链特异性,如果有链特异性需要对参数 --rna-strandness 进行修改。同样,可以为-p指定线程数,以提高比对速率。 示例:hisat2 --rna-strandness FR -p 4 -x 03hisat2_index/TAIR10 -1 ./02clean_data/sample1_R1_paired_clean.fq.gz -2 ./02clean_data/sample1_R2_paired...
升级numpy即可。 按照以下的一些命令可以处理好: pip install --upgrate numpy 之后就可以继续运行htseq。
数据下载是进行RNA-seq数据分析的第一步,我们需要从公共数据库(如NCBI)或者通过合作者获取原始的测序数据。常见的测序数据格式有FASTQ和BAM。 使用trim-galore进行质量控制和序列修剪trim-galore是一个基于Galaxy和cutadapt的工具,用于处理RNA-seq数据中的质量控制和序列修剪。使用trim-galore可以去除低质量的序列、去除接...
shell脚本处理RNA-seq数据上游分析全部代码在:code 安装RNA-seq数据处理流程 代码参考:https://www.jianshu.com/p/a84cd44bac67 视频教程见:https://www.bilibili.com/video/av28453557 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-latest...