这个分值叫“RIN”值(“RNA Integrity Number”),即RNA的完整度评分值。RIN值最高是10分,最低是0分。 Illumina公司推荐用RIN值在8.0以上的RNA进行建库和测序。测序完成之后,就可以进行数据分析了。 RNA-seq数据分析 判断测序的质量 分析的第一步,一般是先把测到的RNA片段,先mapping(比对)到基因组上。在比对完...
RNA-Seq,即RNA测序技术,也称为转录组测序技术,是一种通过观察基因表达来分析整个基因组的技术。主要测序对象包括信使RNA(mRNA)、微RNA(miRNA)和非编码RNA(ncRNA),用高通量测序技术进行测序分析,反映出它们的表达水平。🚀 高通量测序技术 高通量测序技术(High-throughput sequencing),也称为“下一代”测序技术(Next...
转录组学RNA-Seq生信分析 一、转录组分析有两条路1、有参考基因组的比对STAR;2、无参考基因组比对salmon;然后使用DESeq2和limma、edgeR包做差异分析source deactivate WES_analyzCNV conda deactivate WES_analyzC… 法医鉴定发表于Dr家硕的... 转录组测序技术和结果解读(十三)——WGCNA分析 红皇后学术发表于红皇后...
我是五百君,今天给大家分享一些入门RNA-seq的心得。 公司用illumina测序对建好库的RNA样品进行测序后,会得到一堆后缀为fastq.gz的Rawdata。然后在经过公司或者实验室人员将Rawdata进行比对后,得到了表达矩阵的数据。那么怎么对这几万个基因进行分析呢?有什么策略可以看到你想看到的东西呢?
1、RNA-seq概论 08:10 2、RNA-seq原始数据质控 05:19 3、基因表达定量 08:00 4、差异表达分析和富集分析 08:13 5、分析实操 11:415:31:09 【生信技能树】转录组测序数据分析 生信技能树-jimmy 45.5万 2361 40:22 RNA-Seq数据分析培训 LinglingZheng 1583 1 2:24:03 RNA-seq转录组数据分析...
什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。
《生物信息学:转录组测序(RNA-seq)分析》 知识 科学科普 课程 DLAB实验室 RNA 测序 生信分析 DLab实验室 发消息 持续分享(7大模块):【效率神器】、【生信测序】、【基础实验】、【方案设计】、【统计分析】、【翻译投稿】、【医药资讯】 充电 关注6.2万 ...
RNA-Seq 模块的目标是说明如何处理和分析 RNA-Seq 数据以识别差异表达基因 (DGE)。 练习中使用真实数据集,来自暴露于两种生长条件的拟南芥的两种基因型的 Illumina RNA 测序。 需要做: 1). 在参考基因组(工具:tophat 和 htseq-count)或参考转录组(工具trinity)上映射reads,作为reads映射和计数的两种相互替代策略...
流行的RNA-seq分析,如样本聚类或分类,以及差异基因表达,需要将样本之间的标准化作为确保测量结果在样本之间可比性的第一步。大多数现有的标准化方法都是为批量开发的RNA-seq实验计算全局尺度因子来调整每个样本的测序深度(每个样本一个尺度因子适用于样...