本篇推文用于新手清晰了解并掌握植物RNAseq数据分析流程 一、测序数据的介绍测序数据主要有两个来源 1、自测的测序数据;2、SRA数据库下载;这里介绍SRA数据库下载。 SRA数据库下载 第一步:获取SRR*** 第二步…
通常,单端测序就足够了,除非预期读数将匹配基因组上的多个位置(例如具有许多旁系同源基因的生物)、正在执行组装或用于可变剪切分析。请注意,双端通常要贵 2 倍。 3.1. 边合成边测序 Illumina测序技术采用边合成边测序的方法。要更深入地探索边合成边测序,请观看Youtube channel[1]。 Sequencing-by-synthesis 下面对此...
而我们一般的RNA-seq测序数据分析流程算法,基本上都是基于short-read(短读长)技术所产生的数据文件 目前,我们可以从Short Read Archive(SRA)数据库获取的RNA-seq数据中,有超过95%的数据是由Illumina公司的short read测序技术所产生的 其分析过程可以用下面的路线图表示 Conesa et al. Genome Biology (2016) 该路线...
单端测序:Single-Read测序(Single-read)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500bp的片段,引物序列连接到DNA片段的一端,然后末端加上接头,将片段固定在flowcell上生成DNA簇,上机测序单端读取序列。该方式建库简单,操作步骤少,常用于小基因组、转录组、宏基因组测序。 双端测序:双端测序在DNA片段两端都加上接头,进行...
首先，通过命令行获取SRR序列号：`for i in `seq 2085 2181`;do nohup prefetch SRR650${i} &;done`安装SRA Toolkit，使用`conda install sra-tools`。通过`prefetch`命令下载数据至$home/ncbi/public/sra/目录。将SRA文件转换为fastq格式。单端测序：`fastq-dump SRR6502085.sra`，双端测序：`...
这个教程旨在帮助初学者理解并掌握植物RNA-seq的完整分析流程。一、数据获取与转换首先，可以从SRA数据库获取测序数据。具体步骤如下：利用SRA Toolkit获取数据，通过命令行执行：`conda install sra-tools`批量下载数据，例如`for i in `seq 2085 2181`;do nohup prefetch SRR650${i} &;done`，数据会...
对illumina数据进行处理,利用 RNA-Seq 发现新的 RNA 变体和剪接位点,或量化 mRNA 以进行基因表达分析等。对两组或多组样本的转录组数据,通过差异表达分析和对所发现的差异表达基因集合进行功能富集分析以推断生物学功能。 数据准备: 数据下载: Humangenome(GRCh38/hg3):Index of /goldenPath/hg38/chromosomes (ucs...
可执行文件的位置 # 单端或双端测序,单端为SE, 双端为PE # phred33 或者-phred64 指定碱基质量编码,如果未指定,则自动识别。Illumina 使用-phred33 # -threads 指定使用的线程数 # 指定处理后的数据所放置的位置,单端测序如前所示,双端测序如下: ./00Rawdata/${i}_1.fastq.gz ./00Rawdata/${i}_2....
图1. RNA-seq常规分析流程 叨叨完毕,进入正题。 进入尔云后,打开“测序数据处理”模块,我们会看到图2的结果。在这一模块,我们可以完成RNA-seq数据分析的前两步:1、数据质控和过滤低质量数据;2、基因组组装,计算基因表达量。对于上面两部,尔云又根据是双端测序还是单端测序,分了两块。以edgeR为例,输出的DEGs.tx...