通常,单端测序就足够了,除非预期读数将匹配基因组上的多个位置(例如具有许多旁系同源基因的生物)、正在执行组装或用于可变剪切分析。请注意,双端通常要贵 2 倍。 3.1. 边合成边测序 Illumina测序技术采用边合成边测序的方法。要更深入地探索边合成边测序,请观看Youtube channel[1]。 Sequencing-by-synt
本篇推文用于新手清晰了解并掌握植物RNAseq数据分析流程 一、测序数据的介绍测序数据主要有两个来源 1、自测的测序数据;2、SRA数据库下载;这里介绍SRA数据库下载。 SRA数据库下载 第一步:获取SRR*** 第二步…
2011年,Islam 等人(2011)开发了一种单细胞标记逆转录测序 (single-cell tagged reverse transcription sequencing,STRT-seq)方法,这是一种基于Illumina 平台多重测序的scRNA-seq方法。该方法在逆转录过程中通过模板切换机制引入barcode和上游引物结合序列,促进 3′端链特异性扩增以及高通量96细胞多重测序。STRT-seq在...
trinity > rsem > DEseq2 参考:https://github.com/hnnd/NGS/blob/master/pip_c.md 其他分析: 可变剪切分析 融合基因分析 GO富集分析 Pathway富集分析 基本分析流程[1]: Concept Abundance estimate:表现为FPKM值,即每百万映射读取的转录片段每千碱基。 Total:clean data双端总reads数目Duplicate:重复的reads数目...
RNA-seq 数据分析流程 相关软件安装 下载数据 sra转fastq格式 数据质控 数据质控,过滤低质量reads,去接头 比对 首先下载参考基因组及注释文件,建立索引 比对 sam文件转bam 为bam文件建立索引 reads的比对情况统计 计数counts 差异基因分析 RNA-seq 数据分析流程 ...
RNAseq分析入门流程主要包括以下几个步骤：一、数据获取与转换 获取数据：利用SRA Toolkit从SRA数据库下载测序数据。 安装SRA Toolkit：通过命令行执行conda install sratools。 批量下载：使用如for i inseq 2085 2181;do nohup prefetch SRR650${i} &;done的命令批量下载数据。 格式转换：将下载的sra...
ChIP-seq 分析流程 (1) 质控。与RNA-seq数据分析流程类似,ChIP-seq获得的原始数据首先需要使用fastQC进行质量检测,并对不合格的数据进行进一步处理 (2) Mapping reads。Bowtie将测序获得的reads序列比对到参考基因组上,获得sam或者bam格式的比对文件,获得reads的位置信息。使用samtools软件对比对结果进行排序,以及去除PCR...
首先，通过命令行获取SRR序列号：`for i in `seq 2085 2181`;do nohup prefetch SRR650${i} &;done`安装SRA Toolkit，使用`conda install sra-tools`。通过`prefetch`命令下载数据至$home/ncbi/public/sra/目录。将SRA文件转换为fastq格式。单端测序：`fastq-dump SRR6502085.sra`，双端测序：`...
RNA—Seq流程图 1.分理处样品中的mRNA 2.去除污染物DNA 3.RNA片段化处理 4.RNA反转录形成cDNA 5.结扎序列插座 6.选取一定长度范围内的cDNA序列 7.对cDNA进行高通量测序 转录组重建的关键步骤 读段映射 读段映射也被称为读段比对,指将测序读段映射至参考基因组或转录组序列的过程。由RNA-Seq原理可知,读段与...