转录组的数据选项依次是:library strategy: RNA-seq; library source: Transcriptome; library selection; layout: paired。(至于后边的测序仪型号什么的可以咨询给您做项目的销售)。 7)接下来就是最后一步了,上传数据。在这里,我们可以安装一个IBM的软件——Aspera Connect用于大数据传输(下载地址:downloads.aspera...
上传所需文件 ①metadata表格:下拉见细节描述中有模板表格下载,下载后依据上传数据类型填写表格,具体参数比较容易理解,比如RNA-seq模板 metadata RNA-seq填写模板 ②processed-data处理后数据:基因表达量文件(readcount或FPKM),需要换成文本txt格式; ③raw file对应原始数据raw data中的压缩包名称,以fq.gz结尾,由于是...
TSA:Submit computationally assembled, transcribed RNA sequences after submitting unassembled reads to SRA. GEO:Submit RNA-seq, ChIP-seq, and other types of gene expression and epigenomics datasets. 也就是我们常用的基因表达数据,这里可以上传处理后的数据,如count和TPM,FPKM等 BioProject & BioSample:这是...
不能。没有原始数据就意味着存在科研不严谨甚至数据造假的嫌疑，既然有处理出来的数据，那么公司肯定还有...
GEO:Submit RNA-seq, ChIP-seq, and other types of gene expression and epigenomics datasets. 也就是我们常用的基因表达数据,这里可以上传处理后的数据,如count和TPM,FPKM等 BioProject & BioSample:这是NCBI的核心组织架构,一篇文章就是一个BioProject,一个project里可以包含多个BioSample ...
第一种文件 Metadata spreadsheet,主要记录RNA-seq实验的目的、方法、处理过程,以及统计预备上传的所有文件的信息和文件的MD5值等等。网站提供了相应的案例模版(同一页面具有下载链接),此步骤一定要基于模版,根据自己实验的实际情况填写所有内容,不可以直接拷贝。模版如下: ...
RNA-seq原始数据上传GEO数据库 需要软件:7Z压缩软件和FileZilla数据上传软件,下载地址如下 链接:http://pan.baidu.com/s/1kUPlv9P密码:xaqv 1.首先要注册一个NCBI账号,网址https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/?back_url=https%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2F 2.然后进入GEO主页,网址:https://www...
进入GEO数据库后,在首页界面选择将要上传的数据类型。大体上,上传数据类型可分为3类: 芯片数据; 高通量数据,如RNA-seq、ChIP-seq等; 其它表达谱数据,例如RT-PCR等。 接下来以某RNA-seq数据上传为例展示,点击上传高通量数据类型。 以上传高通量数据为例 ...
请问各位大神，为什么我上传数据submitter选的group，组内有6个人，但到最后第8步时submitter只显示了我一...
The RNA-seq raw data are should be deposited in an appropriate database such as the NCBI SRA ...