剩下的选项如图所示,通常情况是这样填写,在filename那里,请各位同学一定要保证跟后续要上传的文件名完全一致,并且不能有“,”、“-”等奇奇怪怪的符号,如果有可以改成下划线“_”或者删掉。转录组的数据选项依次是:library strategy: RNA-seq; library source: Transcriptome; library selection; layout: paired。(...
剩下的选项如图所示,通常情况是这样填写,在filename那里,请各位同学一定要保证跟后续要上传的文件名完全一致,并且不能有“,”、“-”等奇奇怪怪的符号,如果有可以改成下划线“_”或者删掉。转录组的数据选项依次是:library strategy: RNA-seq; library source: Transcriptome; library selection; layout: paired。(...
TSA:Submit computationally assembled, transcribed RNA sequences after submitting unassembled reads to SRA. GEO:Submit RNA-seq, ChIP-seq, and other types of gene expression and epigenomics datasets. 也就是我们常用的基因表达数据,这里可以上传处理后的数据,如count和TPM,FPKM等 BioProject & BioSample:这是...
GEO数据库与SRA的上传有一些类似,但也有所区别。可能是由于处理后的文件通常不会太大,所以上传可以用ftp。 4.1 新建GEO提交 我们点击New Submission新建一个提交 我们选择high-throughout sequencing来完成scRNA-seq数据的上传,点开后发现,我们需要先下载一个meta文件进行信息的填写。 我们选择第二个,因为我们已经把测...
GEO:Submit RNA-seq, ChIP-seq, and other types of gene expression and epigenomics datasets. 也就是我们常用的基因表达数据,这里可以上传处理后的数据,如count和TPM,FPKM等 BioProject & BioSample:这是NCBI的核心组织架构,一篇文章就是一个BioProject,一个project里可以包含多个BioSample ...
但是无论是以RNA-Seq为试验主体的论文,还是以RNA-Seq为分析辅助手段的论文,在发表之前总是绕不开一个问题:杂志要求转录组测序的原始数据必须上传至NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)。而转录组的原始数据动辄几十上百G,怎样才能快速、简洁的将数据上传到NCBI呢?今天的这篇...
rnaseq(转录组)数据提交 ncbi 快速入门指南.doc,RNAseq 数据提交 NCBI 快速入门指南 官网:/ 一 上传前准备工作 1 申请 NCBI 账号: 点击申请账号 登陆已申请的账号 点击申请账号 用户名 密码 邮箱 验证码 点击注册 注意:新申请的账号需要登录邮箱验证后才能提交 2 准备需
RNAseq(转录组)数据提交 NCBI 快速入门指南 RNAseq数据提交NCBI快速入门指南 官网：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 一上传前准备工作 1申请NCBI账号：点击申请账号
跳转至样本类型选择(图7-1),根据上传数据的样本特征勾选。SRA提供了10种样本类型,比如RNA-seq可能对应“Microbe”(单菌株)、“Model organism or animal”(经典的模式物种)、“Human”(人)、“Plant”(植物)。 图7-1 Biosample type界面 对于微生物群落的扩增子、宏基因组等测序分析,可能对应“Genome, metageno...
RNAseq数据提交NCBI快速入门指南官网:http://.ncbi.nlm.nih.gov/一上传前准备工作1申请NCBI账号:点击申请账号登陆已申请的账号点击申请账号注意:新申请的账号需要登录邮箱验证后才能提交用户名密码邮箱验证码点击注册2准备需要上传的原始数据:注意事项:(1)所有样本的原始数据需放在同一目录下(2)原始数据为fastq格式的压...