剩下的选项如图所示,通常情况是这样填写,在filename那里,请各位同学一定要保证跟后续要上传的文件名完全一致,并且不能有“,”、“-”等奇奇怪怪的符号,如果有可以改成下划线“_”或者删掉。转录组的数据选项依次是:library strategy: RNA-seq; library source: Transcriptome; library selection; layout: paired。(...
①metadata表格:下拉见细节描述中有模板表格下载,下载后依据上传数据类型填写表格,具体参数比较容易理解,比如RNA-seq模板 metadata RNA-seq填写模板 ②processed-data处理后数据:基因表达量文件(readcount或FPKM),需要换成文本txt格式; ③raw file对应原始数据raw data中的压缩包名称,以fq.gz结尾,由于是双端测序,因此...
剩下的选项如图所示,通常情况是这样填写,在filename那里,请各位同学一定要保证跟后续要上传的文件名完全一致,并且不能有“,”、“-”等奇奇怪怪的符号,如果有可以改成下划线“_”或者删掉。转录组的数据选项依次是:library strategy: RNA-seq; library source: Transcriptome; library selection; layout: paired。(...
GEO:Submit RNA-seq, ChIP-seq, and other types of gene expression and epigenomics datasets. 也就是我们常用的基因表达数据,这里可以上传处理后的数据,如count和TPM,FPKM等 BioProject & BioSample:这是NCBI的核心组织架构,一篇文章就是一个BioProject,一个project里可以包含多个BioSample 推荐:在上传所有数据前,...
等待NCBI将fastq转为SRA,即可完成最终上传 2022年04月07日 第四次上传数据,用原来的方法,一切都很快。 注意: 如果不是特别重要的数据,建议还是上传了立即release,否则还得单独写email去release。 多个fastq最好下载meta文件到本地,filename要拓展一下,否则后果很严重,很多fastq会被直接忽略。
完成上述操作后,页面自动跳转到高通量测序数据上传界面。按照提示准备好三种文件。 第一种文件 Metadata spreadsheet,主要记录RNA-seq实验的目的、方法、处理过程,以及统计预备上传的所有文件的信息和文件的MD5值等等。网站提供了相应的案例模版(同一页面具有下载链接),此步骤一定要基于模版,根据自己实验的实际情况填写所有...
RNAseq(转录组)数据提交 NCBI 快速入门指南 RNAseq数据提交NCBI快速入门指南 官网：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 一上传前准备工作 1申请NCBI账号：点击申请账号
RNAseq(转录组)数据提交 NCBI 快速入门指南 RNAseq数据提交NCBI快速入门指南 官网：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 一上传前准备工作 1申请NCBI账号：点击申请账号
完成上述操作后,页面自动跳转到高通量测序数据上传界面。按照提示准备好三种文件。 第一种文件 Metadata spreadsheet,主要记录RNA-seq实验的目的、方法、处理过程,以及统计预备上传的所有文件的信息和文件的MD5值等等。网站提供了相应的案例模版(同一页面具有下载链接),此步骤一定要基于模版,根据自己实验的实际情况填写所有...
今天帮一个师妹做bulk-RNAseq的比对,她本次测序有25个样本,每个样本单独一个文件夹,内含 “_1.fastq”和“_2.fastq”两个文件。所以一共是50个fastq文件。 问题来了:针对大量fastq文件,如何做批量下载与比对?花了大概4个小时,帮她搞定,拿到了counts文件。