GEO:Submit RNA-seq, ChIP-seq, and other types of gene expression and epigenomics datasets. 也就是我们常用的基因表达数据,这里可以上传处理后的数据,如count和TPM,FPKM等 BioProject & BioSample:这是NCBI的核心组织架构,一篇文章就是一个BioProject,一个project里可以包含多个BioSample 推荐:在上传所有数据前,...
剩下的选项如图所示,通常情况是这样填写,在filename那里,请各位同学一定要保证跟后续要上传的文件名完全一致,并且不能有“,”、“-”等奇奇怪怪的符号,如果有可以改成下划线“_”或者删掉。转录组的数据选项依次是:library strategy: RNA-seq; library source: Transcriptome; library selection; layout: paired。(...
①metadata表格:下拉见细节描述中有模板表格下载,下载后依据上传数据类型填写表格,具体参数比较容易理解,比如RNA-seq模板 metadata RNA-seq填写模板 ②processed-data处理后数据:基因表达量文件(readcount或FPKM),需要换成文本txt格式; ③raw file对应原始数据raw data中的压缩包名称,以fq.gz结尾,由于是双端测序,因此...
生信入门第五课:Illumina边合成边测序原理 生信入门第六课:测序下机数据fastq文件介绍 生信入门第七课:使用FastQC软件进行测序原始fastq数据质控 生信入门第八课:RNA-seq比对、定量和差异分析 生信入门第九课:PCA、相关性、热图和火山图及代码详解 生信入门第十课:Clusterprofiler GO和KEGG富集分析R代码详 生信入门第十...
RNA-seq入门实战(一):上游数据下载、格式转化和质控清洗 本节概览:1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号2.在linux... 嘿嘿嘿嘿哈阅读 18,427评论 0赞 58 RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts... 本节概览:hisat2 + featureCounts:获取hisat2索引文件,hi...
转录组的数据选项依次是:library strategy: RNA-seq; library source: Transcriptome; library selection; layout: paired。(至于后边的测序仪型号什么的可以咨询给您做项目的销售)。 7)接下来就是最后一步了,上传数据。在这里,我们可以安装一个IBM的软件——Aspera Connect用于大数据传输(下载地址:https://downloads...
📝准备好上传你的RNA-seq原始数据到NCBI了吗?跟着以下步骤操作吧!1️⃣ 返回My submissions界面,选择BioProject,开始你的新提交之旅。2️⃣ 点击蓝色按钮"New submission",填写你的基本信息,如姓名、邮箱(记得以单位后缀结尾哦)、学校学院、单位地址等。3...
生信入门第七课:使用FastQC软件进行测序原始fastq数据质控 生信入门第八课:RNA-seq比对、定量和差异分析 生信入门第九课:PCA、相关性、热图和火山图及代码详解 生信入门第十课:Clusterprofiler GO和KEGG富集分析R代码详解 生信入门第十一课:基因集富集分析( Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)原理和R代码 生信入门第十...
GEO:Submit RNA-seq, ChIP-seq, and other types of gene expression and epigenomics datasets. 也就是我们常用的基因表达数据,这里可以上传处理后的数据,如count和TPM,FPKM等 BioProject & BioSample:这是NCBI的核心组织架构,一篇文章就是一个BioProject,一个project里可以包含多个BioSample ...
RNAseq(转录组)数据提交 NCBI 快速入门指南 RNAseq数据提交NCBI快速入门指南 官网：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 一上传前准备工作 1申请NCBI账号：点击申请账号