这样最终可以得到2个文件,distal.fa和proximal.fa,然后再MEME中进行分析 对proximal进行分析,找到了32个motif chipseq和rnaseq联合分析 shared_up_genes <- intersect(rep1_peakAnno@anno$geneId,up_genes) shared_down_genes <- intersect(rep1_peakAnno@anno$geneId,down_genes) venn.diagram(x=list('chipseq...
$RNAseq/rmdup/MCF10AR1.rmdup.bam,$RNAseq/rmdup/MCF10AR2.rmdup.bam,$RNAseq/rmdup/MCF10AR3.rmdup.bam $RNAseq/rmdup/MCF7R1.rmdup.bam,$RNAseq/rmdup/MCF7R2.rmdup.bam,$RNAseq/rmdup/MCF7R3.rmdup.bam 差异表达分析的最终目的是筛选差异表达的基因(外显子等)RNA-seq的结果比较符合泊松分布,但是泊...
2023年03月28日,美国西奈山伊坎医学院James J. Manfredi团队通过对经辐射处理的小鼠器官进行联合RNA测序(RNA-seq)和染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)分析,鉴定出共有的和组织特异性p53转录反应,揭示了胸腺和脾脏共有的p53靶点富含凋亡靶点。且肝脏不能上调这些基因并不是因为基因占有率降低。小鼠模型实验表明,p53的C末...
LabChip RNA 微流体芯片 RNA 样品分析说明书 Figure 1. The LabChip GX Touch platform offers rapid
Unraveling the genetic code, shaping the future of healthcare. Dxfluidics, specializing in the custom fabrication of single-molecule RNA analysis chips, leading the innovation in RNA technology! No amplification, no omissions, throughout the process, hig
样本实验:ChIP-seq、RNA-seq、表型实验+代谢实验+内脏脂肪库称重、数据分析 背景意义: 全球范围内肥胖和II型糖尿病的流行率增长表明其主要驱动因素是环境而不是基因。接触高脂肪饮食和有毒物质,以及微量元素缺乏,会影响我们和子孙后代的健康。环境和健康之间的一个联系是表观基因组。揭示基因组信息是如何通过表观遗传...
1.3 RNA-Seq需要的hisat2的索引文件 可以根据参考基因组构建,但是推荐下载构建好的索引。 http://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/#h-sapiens QQ截图20220822104616.png ##浏览器下载bdgp6.tar.gz 或者wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/hisat/bdgp6.tar.gz ...
另外,通过对A基因过表达或敲除/干扰后,进行RNA-seq,寻找A基因影响的下游基因,通过ChIP-seq和RNA-seq的整合,进一步分析A调控的基因和及其结合位点,并通过real time PCR和双荧光素酶系统等实验进行验证。 筛选目的蛋白调控的靶基因及结合位点。
新一代高通量RNA 测序和ChIP 测序数据处理和分析方法130 страницы · 2011 · 6.73 MB · китайский Смотреть Скачать Похожие бесплатныеэлектронныекниги 微积分和数学分析引论 501 страницы·2001·1...
ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦,没有针对local的一键安装,但我们可以借鉴Dockerfile文件里面的安装方法。 也可以模仿chip-seq-pipeline2/scripts/install_conda_env.sh的安装方法。 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 ...