RNA-seq可以做的大都是相关性研究,通过比较找到一些差异,从基因表达上给你的课题指明一定的方向,一般来说,单独做RNA-seq,有如下几个常见的目的。 1. 如果你的样本是实验组与对照组的关系,那么寻找差异基因是关键,这可以通过RNA变化来推测蛋白的差异。找差异基因的软件有很多,上面说的处理count的软件都可以。(这里需
转录组:特定组织或者细胞在某一发育阶段或功能状态下转录出来的所有RNA的集合,转录组能够从整体水平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病分子机理。 传统的PCR方法、基因芯片(Microarray)方法一次只能研究有限个数基因的表达,但是转录组测序(RNA-seq)一次可以获取特定状态下所有基因的表达情况,同时转录组测...
高通量测序目前主要以m6A-seq/MeRIP-seq为主,它是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 MeRIP-seq将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组...
结果:人前列腺癌的融合基因具有种群特异性,在欧美人群中普遍高频表达(50-80%)的融合基因TMPRSS2-ERG在中国人群中的表达率仅有20%左右,而在欧美人群中尚未发现的融合基因CTAGE5-KHDRBS3和USP9Y-TTTY15在中国人群中却有很高的表达频率,分别为37%和35.2%。 [ Ren S, Peng Z, Mao JH, et al. RNA-seq an...
什么是转录组测序 转录组测序（即RNA-seq）是RNA研究很重要的手段，研究对象为特定样本在某一功能状态下所能转录出来的RNA情况。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础...
做转录组RNA-seq的一个重要目的就是找到差异基因,而DEseq2就是一个用于差异分析的R包 官网使用说明:http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/DESeq2/inst/doc/DESeq2.html 一、软件原理 1.RNA-Seq中的统计检验问题 代码语言:javascript ...
RNA-Seq的目的主要还是集中在基因表达方面,以及寻找差异表达基因和融合基因上。对于变异检测,这类数据中也肯定可以发现,但假阴一定是很高的,比如低表达的基因,甚至是在这个组织(或者样本)中不表达的基因,你就无法有效检出它基因组上的变异了。另外,由于目前的二代测序系统并不能对RNA中的U碱基进行识别,因此,RNA测序...
很多 RNA-seq 实验的目的是为了比较两种 或多种样本中基因表达或整个转录组的差异,如比 较癌症组织和正常组织的转录组差异等.这些差异 既包括通常意义下的差异表达基因,也主要包括选 择性剪接模式的差异,剪接异构体表达的差异,非 编码转录本的差异等.这些差异一般可以用一些统 计假设检验方法检测,但这种检验有时...
RNAseq|组学分型-ConsensusClusterPlus(一致性聚类), NMF(非负矩阵分解) (3)免疫浸润程度分组是指先做免疫浸润分析,然后根据免疫得分高低进行分组; RNAseq|免疫浸润也杀疯了,cibersoert?xCELL?ESTIMATE?你常用哪一个 确定分组后就可以进行差异分析以及火山图,热图,富集分析(GO,KEGG)的分析了。