RNA-seq可以做的大都是相关性研究,通过比较找到一些差异,从基因表达上给你的课题指明一定的方向,一般来说,单独做RNA-seq,有如下几个常见的目的。 1. 如果你的样本是实验组与对照组的关系,那么寻找差异基因是关键,这可以通过RNA变化来推测蛋白的差异。找差异基因的软件有很多,上面说的处理count的软件都可以。(这里...
结果:人前列腺癌的融合基因具有种群特异性,在欧美人群中普遍高频表达(50-80%)的融合基因TMPRSS2-ERG在中国人群中的表达率仅有20%左右,而在欧美人群中尚未发现的融合基因CTAGE5-KHDRBS3和USP9Y-TTTY15在中国人群中却有很高的表达频率,分别为37%和35.2%。 [ Ren S, Peng Z, Mao JH, et al. RNA-seq an...
RNA-Seq的目的主要还是集中在基因表达方面,以及寻找差异表达基因和融合基因上。对于变异检测,这类数据中也肯定可以发现,但假阴一定是很高的,比如低表达的基因,甚至是在这个组织(或者样本)中不表达的基因,你就无法有效检出它基因组上的变异了。另外,由于目前的二代测序系统并不能对RNA中的U碱基进行识别,因此,RNA测序...
我们的旅程从获取测序数据开始。假设你已经从高通量测序平台获得了玉米的RNA-Seq数据。 通常,这些数据以FASTQ格式呈现,包含大量的短序列读取。 数据清洗:去除噪音 首先,我们需要用Trimmomatic等工具清洗数据。 为什么呢?因为原始数据中可能夹杂着适配器序列和低质量读取。以下是一个示例代码: java -jar trimmomatic PE ...
什么是转录组测序 转录组测序（即RNA-seq）是RNA研究很重要的手段，研究对象为特定样本在某一功能状态下所能转录出来的RNA情况。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础...
RNAseq定量分析方案 1 一、实验目的： 2 二、实验大致流程 2 三、实验前的准备活动 2 3.1准备数据 2 3.2确定涉及软件是否安装完毕，及其输入输出文件。 3 四、实验过程 4 4.1.利用bowtie2-bulid命令根据提供的参考基因组序列建立对应的索引文件。 5 4.2.利用tophat命令将分别将...
单细胞的RNA-seq我从来没有接触过,所以要从头开始学习。但是用王院长的话就是:“不是和普通的RNA-seq差不多嘛!”。。。当然了,对于他那种专家级别的当然什么样的分析都是差不多的,但是对于我一个白的不能再白的小白来说,这是一块还比较复杂比较难啃的骨头。在网上搜了几篇文献,放在这篇文章里供需要的同学...
APA法指在富集转录本的3ʹ末端,从而提升信号与灵敏度,而前面提到的标签测序法非常适合此目的。其它方法多聚腺苷酸位点测序(polyadenylation site sequencing,PAS-seq),这种方法可以将mRNA打断为150bp左右的片段,并且使用oligo-dT标记的模板转换来生成cDNA用于测序,其中的80%读长就来源于3ʹUTR。TAIL-seq方法能不...
RNA-seq数据量化是指在RNA-seq实验中将原始测序数据（通常是读段，即reads）转化为表达量的过程，旨在确定每个基因或转录本在给定样本中的表达水平，这个过程包含几个关键步骤：1.读段（Reads）质量控制：在进行量化之前，首先需要对原始测序读段进行质量控制。这通常涉及去除低质量的读段、去除接头序列以及...
第二代测序技术称为高通量测序(High-ThroughputSequencing),又名下一代测序(Next Generation Sequencing NGS)。顾名思义,它们解决了第一代测序中的低通量的缺陷,同时大大降低测序成本,目前使用最广的是illumina公司的Solexa,Hiseq技术,其核心技术大致相同,介绍如下-- ...