m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A...
同时,尝试调整抗体用量、磁珠孵育时间,以提高IP效率,或尝试优化RNA提取步骤。 RIP-Seq数据如何分析? 对RNA产物质检合格后,进行文库构建(建议先去除核糖体RNA,提高有效数据量),使用Illumina 测序平台进行高通量测序。然后,将测序数据与参考基因组比对,检测结合峰(Peak),预测motif。最后,进行差异Peak分析、功能注释和通路...
MeRIP-seq/m6A- seq是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 二、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验流程 从样品处理到最终数据获得中每一个环节都会对数据质量和数量产生影响,而数据质量又会直接影响后续信息分析的结果。为了从源头上保证测序数据的准确性、可靠性,需对样品处理、建库、测序每一个生成步...
数据准备。一般是fastq格式文件,或者是从数据库白嫖来的转录组数据,通常为SRA格式,后期要转为fastq格式。什么是fastq格式?自己查。 测序数据的质控。就是看一下这个测序后的数据可信度高不高,有没有污染之类的,只有评估过这些结果才能用来做下一步分析,否则后面分析的东西不对也是百分心机。质控还包括清除一些不可靠...
除此之外,在斑马鱼预测因子中,最重要的motif是LIN28A,它是核心多能性调节剂之一。因为斑马鱼的数据来自胚胎细胞系,所以这一结果与m6A在控制细胞命运发展中的作用是一致的。以上结果表明,DeepM6ASeq可以捕获m6A位点周围的有意义的生物学信息,这也与生物学实验结果一致。
ATAC所捕获的染色质开放区一般是正在转录的那部分DNA序列的上下游,得到这些序列我们就可以对富集到的序列结合motif分析,识别哪种转录因子参与了基因表达调控,通过ATAC-seq寻找出来的转录因子一般是全基因组内发挥关键作用的调控因子。除此之外,ATAC-seq在核小体定位、识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子、绘制染色质...
用于鉴定转录因子的motif及其结合者。 BETA-basic can be used to predict whether a factor has activating or repressive function and detect direct target genes.【这个手动就能做出来,就是个peak注释,然后用DEG来分】 BETA-plus can be used to predict whether a factor has activating or repressive function...
用SNARE的RNA-seq表达数据(SNARE-seq expression assay)和可及性数据(SNARE-seq accessibility assay)分别做细胞聚类,发现二者的profile有很好的一致性:那些在特定淋巴细胞中高表达的marker gene同样也具有对应的开放染色质谱(高表达的TF有可及的motif)。
图2用RNA-seq和ChIP-seq推测转录因子的靶基因,画出A图。图D是基因功能富集分析结果,推荐用clusterProfiler,推荐理由:《富集分析,俩人做的结果差5岁 | 你用的注释文件有多老?》。想画图F的看motif系列:《找到了motif,怎样展示结果?》 出自Tissue- and stage-specific Wnt target gene expression is controlled sub...