④SRA数据下载 主要参考:SRA文件的下载(prefetch)和解压SRA文件(fastq-dump)) 本案例所使用的方法为SRA Toolkit - prefetch 快速下载NCBI SRA数据 如果本案例中的方法无法运行,具体请参看郜鹏志师哥整理的《BaP_的RNA-seq上游流程.md》这份笔记(二.数据准备/01.从GEO中下载SRA数据) 首先下载最新发布的sratoolkit(...
└── multiqc_data/ <- multiqc 从各种日志文件中找到的数据文件夹 参考来源 https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow https://u.wechat.com/MORLj4PwRAzRhhiYxQDwTb0 (二维码自动识别) [若内容理解有误,可与我联系
转换为sort.bam文件之后就可以进行下一步分析 3.基因表达水平定量 用htseq count来计算比对数目:即有多少个reads比对上了外显子基因,此时还需要基因功能注释文件。 基因注释文件下载:从NCBI等网站中可以获取。下载后为gtf文件。 1.首先检查HTseq有没有下载,没有下载需要自行下载。 sudo apt install python-htseq ...
imageMogr2/auto-orient/strip|imageView2/2/w/1240 我们直接分从其中的rawdata开始分析 因为此次是双端测序,所以每个样本有两个fastq文件。 RNA-seq上游测序的步骤可以概括为 : (所有软件均在python3环境下安装) 准备参考基因组文件下载及GTF文件下载 质控(fastqc, multiqc) 数据过滤 (trim_galore) 序列比对 (st...
学习完snakemake后写的第一个流程是RNA-seq上游定量和下游的质控和差异分析。 使用fastp处理fastq文件,在使用START比对到基因组同时得到raw count,使用非冗余外显子长度作为基因的长度计算FPKM、TPM,同时也生成了CPM的结果。 非冗余外显子长度计算可以参考之前的推文转录组实战02: 计算非冗余外显子长度之和 ...
clusterProfiler或GOseq-- 进行基因本体(GO)富集分析。 GSEA- 基因集富集分析。 可视化 快速上手RNA-Seq分析流程 -- 上游 STEP01 质量控制 (Quality Control) -- 使用fastp # 新建 clean 文件夹存放 fastp 质控之后的数据mkdir-p clean# 单样本处理实例,默认选项fastp -w 20 -i raw/sample1_R1.fq.gz -I...
单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据的预处理流程:原始测序结果 FASTQ文件:主要包含多对 核苷酸序列和 质量分数 的FASTQ文件。(核苷酸序列中包含区别不同细胞的信息)(质量分数表明核苷酸序列的可信程度) 细胞× 基因表达矩阵 .h5ad/.h5/10x文件:将 FASTQ 文件中的序列与参考基因组进行比对,并计算每个基因在每个细胞中...
指控分析报告生成 利用multiQC整合分析结果，生成详细的指控分析报告，全面评估分析流程。通过优化与标准化步骤，RNA-seq上游分析流程得以简化与高效执行，确保了分析结果的准确性和可靠性。整个流程的关键点包括质量控制、序列过滤、高效比对以及基因表构建，每一步都旨在确保数据的高质量与分析结果的准确性。
RNA-seq分析流程是一个系统而复杂的过程，旨在从测序数据中推断转录组状态。这一流程主要分为三个关键阶段：上游分析、序列比对和表达定量，以及数据的标准化与下游分析。上游分析阶段通常在Linux系统中进行，首先处理的是FASTQ格式的原始测序文件。这些文件由Illumina测序技术生成，采用边合成边测序（SBS）策略...