原来不用繁琐得安装调试Linux系统,在Windows下就能快速分析二代测序转录组数据。Rsubread就能实现此功能。说明书里面的图很直观,直接上图了(图来源https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/Rsubread/inst/doc/SubreadUsersGuide.pdf) 种子和投票原理 ...
windows平台使用Aspera下载RNA-seq原始数据 目的:在sratoolkit下载速度非常慢的情况下使用Aspera下载SRR数据。 流程: 1. Aspera的下载及安装。 网址连接:Aspera - Connect | IBM 下载windows版本,一路安装,然后找到安装目录。 将C:\Program Files\IBM\Aspera Connect其中Aspera Connect中间的空格删除。这个目录有可能不...
8、reads比对:用hisat2软件,要明白各种软件的意义; hisat2 -p 4 --dta -x /public/home/zyhu/Mouse/reference/GRCm39 -1 /public/home/zyhu/Mouse_RNA-seq/02.trim/${i}_R1_001_paired.fastq.gz -2 /public/home/zyhu/Mouse_RNA-seq/02.trim/${...
Non-stranded RNA-Seq与Stranded RNA-seq的建库方法有所不同,有文献(DOI: 10.1186/s12864-015-1876-7)分析认为Stranded RNA-seq 得到的mRNA数据更为准确。 但是,对于大多数的分析来说,Non-stranded RNA-Seq数据用于常规分析已经足够(https://web.azenta.com/stranded-vs-non-stranded-rna-seq)。 Stranded RNA-...
第一,安装客户端(支持windows), 下载链接 具体可参考这篇文章 第二,命令行下载 关于第一种方式 ,下载直接安装即可,下载链接h Aspera Connect命令行工具-ascp 首先,goto Aspera connect,选择linux版本,复制链接地址(这个需要代理下载) 代码语言:javascript
了解设置重复对于RNA-seq分析的重要性 了解生物重复次数、测序深度和鉴定到的差异表达基因之间的关系 了解如何设计RNA-seq实验,以避免批次效应 1. 注意事项 了解RNA提取和RNA-seq文库制备实验过程中的步骤,有助于设计RNA-seq实验,但有一些特殊的注意事项需要明确: ...
1.TCGA RNA-seq数据更新情况 2022年3月29日,GDC官网(https://portal.gdc.cancer.gov/)发布了新的更新版本(Data Release 32.0)数据。此次数据更新范围广、变化大,导致许多网上的教程一夜之间不再直接可用。 具体的更新情况,在官网页面(https://docs.gdc.cancer.go...
多组学-通过GSEA分析对 RNAseq 的数据进行解读 Gene Set Enrichment Analysis (GSEA/基因集富集分析), 是一种生物信息学的计算方法,用于确定是否存在这样一个“基因集”,能在两个生物学状态中显示出显著的一致性的差异。表达谱数据里的基因数目众多,我们需要对基因进行功能注释,看哪些基因是属于同一通路,以及该通路...
1.基于scRNA-seq构建黑色素瘤单细胞图谱 首先基于发现集数据(5例肢端和3例皮肤肿瘤样本)进行细胞聚类分群,再基于marker基因进行细胞群鉴定,确定了免疫细胞(T细胞,B细胞,自然杀伤细胞,单核细胞,巨噬细胞)和非免疫细胞(黑色素瘤细胞,内皮细胞,纤维母细胞)多种细胞类型。并且发现AM和CM的免疫细胞组成占比区别很大。
跟着存档教程动手学RNAseq分析(一) 了解RNA提取和RNA- seq文库制备的实验过程中的步骤有助于设计RNA- seq实验,但有一些特殊的考虑因素需要强调,这些因素会极大地影响差异表达分析的质量。 这些重要的考虑包括: 重复的数目和重复的类型 避免混淆 解决批次效应 ...