虽然基于bulk RNA-seq和scRNA-seq数据的DEG识别任务以类似的方式表述,但用于解决这个问题的方法是非常不同的。用于差异基因表达的批量RNA-seq数据分析的方法,如DESeq2和edgeR,解决了基于少量重复(来自同一实验组的生物学上不同的样本)来评估基因表达分散的困难。这个问题在scRNA-seq数据的分析中并不存在,因为每个细胞...
最近的单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析为正常肾脏中的细胞特异性基因表达谱提供了许多见解。然而,在患病的肾脏中,对特定细胞(尤其是肾小球细胞)变化的了解仍然有限。 我们的研究结果证明了来自糖尿病和对照小鼠的分离肾小球细胞中的scRNA-seq分析能够揭示糖尿病肾脏中基因表达的动态变化,单个细胞的反应各不相同。这些变化...
二:GIREMI用一种SNV之间等位连锁方法来鉴定单个RNA-seq数据的RNA编辑 三:通过多个RNA-seq数据集来来鉴定RNA编辑,在多个样本发生的序列变异才被当作RNA编辑,这样增加了可信度 四:就是把所有样品的数据集都放到一起,然后通过高频的变异确定为RNA编辑 文章用不同的比对工具,并结合GATK来鉴定RNA编辑,对上面4中方法进行...
为了验证RNA-seq能应用于人类遗传疾病的诊断,研究人员首先对入组患者的肌肉活检组织进行RNA-seq,然后与GTEx(Genotype-Tissue Expression Consortium)数据库中选取的肌肉数据进行对照,验证DNA-seq检测的阳性样本中相关变异造成的转录异常,并对DNA-seq检测的阴性样本进行异常剪接、等位基因表达不平衡、变异等多种分析。 02 ...
SAMtools 在大多数情况下显示出最高的敏感性,特别是在支持读数较低的情况下,尽管内含子或高特性区域的特异性相对较低。当提供足够的支持读数时,strelka2表现出持续的良好性能,而 FreeBayes 在高变异等位基因频率的情况下表现出良好的性能。 image.png scRNA-seq 中合适 snv 调用方法选择的推荐过程的流程图...
单细胞RNA测序在获得表达谱的同时,也能够对转录本上所携带的SNV进行分析。例如一篇抗乳腺研究的报道,Paclitaxel(Taxol)是一种常用的癌药物,阻断微管形成,遏制有丝分裂。研究通过单细胞RNA测序比较了给药前后的单细胞所携带的SNV,在单个细胞中检测到了许多细胞群体测序所无法检出的SNV,并且鉴定出一些耐药细胞特异性的SNV...
在这项研究中,Vanderbilt University医学部的研究人员使用27对肿瘤样本及其匹配的正常样本的WES和RNA-Seq数据,研究了SNV检测中技术和生物学上的不一致性。他们分析了三类SNVs: (1)仅在WES中检测到的 (2)仅在RNA-Seq中检测到的 (3)在两者中均检测到的。
最后,在 SCNT-ABE 样本中鉴定了脱靶突变,其中 SCNT 样本作为对照,供体细胞作为参考。对于 RNA 脱靶突变分析,该研究分别对 SCNT-ABE 和 SCNT 囊胚进行了 RNA 测序(RNA-seq),并由 GATK 调用 RNA SNV。然后在 SCNT-ABE 囊胚中鉴定出 RNA 脱靶突变,类似于 DNA 脱靶突变的分析。
(4).变异检测范围有限。使用RNA-Seq数据很难发现除单碱基变异(SNV)之外的其他突变(比如Indel)。 2.为什么二代测序的原始数据中会出现Read重复现象? 要搞清楚这个read重复(duplicate)的问题,我想我们需要从NGS数据的产出过程说起,具体来说如下: 1. 基因组DNA提取; ...
在这项研究中,Vanderbilt University医学部的研究人员使用27对肿瘤样本及其匹配的正常样本的WES和RNA-Seq数据,研究了SNV检测中技术和生物学上的不一致性。他们分析了三类SNVs: (1)仅在WES中检测到的 (2)仅在RNA-Seq中检测到的 (3)在两者中均检测到的。