因此,研究人员通过RNA-seq对来自于8例新辅助化疗TNBC患者的10个样品进行了测序,其中3例病理完全缓解(pCR),5例为非pCR。选择能够预测化疗应答的差异表达基因,并通过小规模siRNA文库进行体外功能筛选。然后,进一步在体内外研究TNBC相关基因的临床和功能意义,并应用生化实验和成像分析来研究其作用机制。 下面就跟随小编一...
但功能强大,给出了siRNA的热力学差异,界面也比较友好,强烈推荐),https://sfold.wadsworth.org/cgi-bin/sirna.pl(无需注册,靶标序列要求在250bp以内,不够简洁但内容丰富),http://sidirect2.rnai.jp/(siDirect 2.0,无需注册,界面也比较友好,比较推荐),https://www.invivogen.com/sirnawizard/(invivogen公司...
RT-qPCR是检测mRNA表达水平最简单、快捷的方法,可用于siRNA、shRNA和完全匹配miRNA干扰途径导致的mRNA降解检测。其原理十分简单,使用最为广泛,具体方法可以参见本公众号以前的文章。 ②RNA-Seq分析 RNA-Seq是在细胞整个转录组水平研究RNA表达量变化的方法,其比较适合研究miRNA与多个mRNA的调控关系,可以用于预测miRNA,筛选...
另一种方法,荧光原位RNA测序(FISSEQ),结合了原位扩增和寡核苷酸连接的测序。其他RNA物种的测序 小RNA30 nt以下的小型非编码RNAs,如miRNAs、piRNAs和endosiRNA,是由初级转录本加工而成的。miRNAs可以通过与接头直接连接有效地捕获(见上文)。由于miRNAs有5 '磷酸基团和3 ' -OH基团,因此在连接之前不需要对RNA进行...
RNA-Seq在HEK293F细胞上进行,这些细胞要么转染了MOV10转基因,要么转染了siRNA以抑制MOV10的表达,要么转染了非特异性(无关的)siRNA。这导致了三个条件:Mov10 oe(过表达),Mov10 kd(敲除)和Irrelevant kd,分别。重复数量如下所示。 img 利用这些数据,我们将评估与MOV10表达干扰相关的转录模式。请注意,无关的siRNA...
小RNA分析主要针对长度在18-40bp的短RNA,包括miRNA、siRNA和piRNA等。这些小RNA在细胞内有着重要的调控作用。通过与mRNA的关联分析,可以进一步了解它们的生物学功能。 长非编码RNA(lncRNA) 长非编码RNA(lncRNA)是长度大于200bp的非编码RNA,它们在基因表达调控中扮演着重要角色。通过鉴定、表达和功能分析,可以更好地...
这种方法单刀直入,一些研究者甚至开始用它来代替转录本分析的芯片法。同时,为了提高可靠性,有些已经成型的技术也已得到彻底的革新,如利用小片段干扰RNA(short interfering RNA,siRNA)来进行基因沉默的技术。 解码信息 研究RNA的基础性进展始于2008年,当时研究者描绘的技术是测定一...
siRNA小干扰RNA（通常称做siRNA）参与多种生物学过程——最常见的是RNA干扰或者RNAi。大多数RNA是单链的，但是，siRNA由两条互补的核酸链组成，与DNA类似。siRNA的长度大约为20–25个核苷酸。siRNA在RNAi过程中扮演了重要角色，它们通过互补的核苷酸序列来干扰特定基因的表达。长度为21个核苷酸的双链siRNA分子的一些近似...
小RNA通过多种作用途径,包括mRNA降解、翻译抑制、异染色质形成以及DNA去除等,来调控生物体的生长发育和疾病发生。小RNA测序即对所有已知及新发现的小RNA(包括microRNA (miRNA)、短干扰RNA (siRNA)、与piwi蛋白相作用的RNA(piRNA)、snoRNA等)进行测序分析,是鉴定和定量...
Ion PGM™ 和 Ion Proton™ 系统可在链特异性、无假设的研究中为所有已知及新发现的小 RNA 转录物提供测序分析,例如 microRNA (miRNA)、短干扰 RNA (siRNA) 以及与 piwi 蛋白相作用的 RNA (piRNA)。 靶向RNA测序 靶向RNA 测序是用于追踪转录组研究的高性价比解决方案,或者其可用于快速关注通路或疾病相关...