转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或...
RNA-Seq基本原理 RNA-Seq(RNA sequencing),又称全转录组鸟枪法测序(Whole transcriptome shotgun sequencing, WTSS)。它利用新发展起来的高通量测序技术来测定一个样本组织中的全部RNA的组成(mRNA,micro RNA,circo RNA,lnc RNA等),研究不同类型的RNA采用不同的策略。该技术应用于分析不断变化的细胞转录组,能够研究...
RNA-Seq(RNA sequencing),也称为全转录组测序,是一种利用深度测序技术来研究样本的RNA组成的技术。这种技术能够提供关于细胞中RNA存在性和丰度的信息,可以用来鉴定和量化在特定时间点或条件下所有类型的RNA分子,包括mRNA、非编码RNA和小RNA。 RNA-Seq开始于RNA的抽取和纯化。接着,通常会使用一种叫作逆转录的过程将...
RNA-seq,RNA-seq(RNA sequencing)即转录组测序技术,就是用高通量测序技术进行测序分析,反映出mRNA,smallRNA,noncodingRNA等或者其中一些的表达水平。在过去的十年中,RNA-Seq技术迅速发展,并成为了在转录组水平上分析差异基因表达/mRNA可变剪切的不可缺少的工具。随着
RNA-seq即转录组测序技术(Transcriptome sequencing),广义的定义为:对细胞内所有RNA(包括rRNA/ tRNA/ mRNA等)进行高通量测序,狭义的定义为:对细胞内mRNA进行高通量测序,临床检验实验室指的一般为狭义的转录组测序。 融合基因 融合基因(Fusion genes , FG)是...
RNA-seq的发展和进步一直离不开技术发展的支持(湿实验方面和计算分析方面),且与先前的基于基因芯片的技术比起来,获得的信息更多、偏好性更小。到目前为止,已从标准的RNA-seq流程中衍生出多达100种不同的应用。大部分应用都是基于Illumina short-read测序,但最近基于long-read RNA-seq和direct RNA sequencing (dRNA...
《RNA sequencing: the teenage years》这篇综述翻译了一下,全篇汉字大约是3万字,比较长,为了方便阅读,把它拆成3篇放出来,分别是上,中,下篇。 上篇讲的是常规RNA-seq的发展; 中篇讲的是常规RNA-seq数据处理的一些流程与工具,例如TopHat,STAR,RSEM,Salmon等; ...
一、RNA-seq应用 今天这篇文章想要聊聊的就是第二种——RNA sequencing,简写为RNA-seq。它基于高通量测序的转录组测序技术,分析给定时刻,生物样品中mRNA,small RNA,Non-coding RNA等或者其中一些RNA的存在和数量,分析基因表达随时间或不同处理的变化(different gene expression,DGE分析是RNA-seq的主要应用)。RNA-seq...
复现原文(一):Single-cell RNA sequencing of human kidney(step by step),Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程(原理、代码和评述))