转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生...
转录组测序(transcriptome sequencing)是一种利用高通量测序技术来研究转录组的方法,也就是说,它可以用来测定一个特定生物或细胞类型的所有RNA分子。而RNA测序(RNA-seq)是转录组测序的一种,是一种利用深度测序技术特异性地研究转录组中的mRNA(信使RNA)水平的方法。
靶向RNA测序 (RNA-seq) 能够克服这些限制,敏感地检测到罕见或者较低表达的转录本。 FISH 及RT-PCR是诊断基因融合的常规方法,而靶向RNAseq使用生物素化寡核苷酸探针来富集目标RNA转录本。本方法可在一个实验中靶向捕获数百个基因 (方法流程见图1). 图1. 靶向RNAseq实验流程图 通过对多个细胞系进行检测分析,靶向R...
1. 肺癌的scRNA-seq数据集来自之前的研究-Single-cell RNA sequencing reveals distinct tumor microenvironmental patterns in lung adenocarcinoma。从TCGA数据库下载肺癌的RNA-seq数据和临床病理学特征。此外,GSE68465从GEO数据库下载。...
ONT poly(A)-iso-seq文库准备示意图 Direct RNA测序(DRS) Direct RNA测序(Direct RNA Sequencing,简称DRS)是一种利用Nanopore平台进行的转录组研究技术。这项技术能够直接读取全长转录本,无需经过反转录或扩增步骤,因此可以避免这些过程中可能产生的偏差和错误。Direct RNA测序不仅能够检测RNA分子的甲基化修饰,还能解析...
1.RNA sequencing: the teenage years 2.A survey of best practices for RNA-seq dataanalysis 3.Informatics for RNA Sequencing: A Web Resource for Analysis on the Cloud ——— 信诺金达,专业服务!qPCR检测,丰富经验,更快速度。更多有关分子生物学、细胞生物学、免疫学,论文基金申请写作,SCI润色的需求。
高通量测序（High-throughput sequencing），也被称为第二代测序技术，是一种可以对DNA或RNA进行快速测序的技术。相比于传统的第一代测序技术，高通量测序能够在更短的时间内，同时测序更多的DNA或RNA样本。高通量测序的主要原理是将DNA或RNA分子随机断裂成大量小片段，并在流式细胞仪上进行高通量并行的测序。具体步骤...
三、ONT - 直接RNA测序(Direct RNA-seq,DRS) 正如上面展示的,经典的RNA测序流程,通常需要将RNA先反转录为cDNA,经过PCR扩增后再进行建库测序。而直接RNA测序技术(Direct RNA Sequencing,简称DRS)只需将mRNA单链反转录为RNA - cDNA双链后就能直接对其测序,整个过程无RNA/cDNA 双链转DNA双链和PCR扩增过程,直接获得...
1 RNA-Seq技术原理 RNA_Seq应用深度测序技术,原理为将总 RNA转化为cDNA片段文库并将测序接头连接到 片段末端,利用高通量方式进行单末端(single-end sequencing )或双末端(pair-end sequencing)测序获 得短序列(reads),依据所使用的测序技术,reads长 度一般在30~400bpo原则上任何高通量测序技术都 可以用于转录组测...