高通量测序目前主要以m6A-seq/MeRIP-seq为主,它是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 MeRIP-seq将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组...
A review of RNA-Seq expression units http://www.rna-seqblog.com/rpkm-fpkm-and-tpm-clearly-explained/
最常用的GCN分析方法之一WGCNA,最初是为微阵列数据开发的,但WGCNA可用于标准化的RNA-seq数据。它广泛应用于基因表达数据集,以检测基因簇和模块,并通过分析相关网络来研究基因连接。 三、转录水平分析:转录本重构和定量 RNA-seq数据的一个重要用途是基于短RNA-seq读数恢复全长mRNA转录物结构和表达水平。目前有许多计算...
RNA-Seq 2014 - European Pharmaceutical Reviewpharmareview
RNA-seq的counts值,RPM, RPKM, FPKM, TPM 的异同 现在常用的基因定量方法包括:RPM, RPKM, FPKM, TPM。这些表达量的主要区别是:通过不同的标准化方法为转录本丰度提供一个数值表示,以便于后续差异分析。 标准化的主要目的是去除测序数据的技术偏差:测序深度和基因长度。
UDA-seq: universal droplet microfluidics-based combinatorial indexing for massive-scale multimodal single-cell sequencing UDA-seq incorporates a post-indexing step to enhance the throughput of droplet-based single-cell multimodal sequencing, enabling efficient large-scale single-cell analysis. Yun Li , ...
首先,说下RNA-seq的研究目的,第一篇论文告诉了我们答案: 可以分为四个方面: 样本水平分析:这里主要通过计算不同生物之间的相似性,通过构造相似性矩阵或者相关矩阵来衡量不同sample的相似性。 基因水平分析:基因差异表达分析,这是RNA-seq最主要的目的了把,也是运用最多的,就是通过RNA反过来研究细胞特异性的基因,环境...
在全长转录组基础之上,ONT - 三代测序平台的直接RNA测序(Direct RNA-seq),相对于传统的反转录cDNA - PCR扩增(二代和三代RNA-seq测序都有相应的建库方案)流程,其能够保留并检测天然RNA碱基修饰信息,还原真实RNA特征,也省去了传统 RNA m6A甲基化修饰繁琐的实验检测步骤, 如 MeRIP-seq/m6A-seq和m6A-SEAL-seq等...
A. Exponential scaling of single-cell RNA-seq in the past decade. Nat. Protoc. 13, 599–604 (2018). This review is an excellent introduction to the full range of single-cell sequencing methods. Article CAS PubMed Google Scholar Leelatian, N. et al. Single cell analysis of human ...
简介:RNA-seq的标准化方法对于RNA-seq而言,由于 技术误差, 测序深度不同, 基因长度不同,为了能够比较不同的样本,比较不同的基因的表达量,以及使表达水品分布符合统计方法的基本假设,就需要对原始数据进行标准化。 RNA-seq的标准化方法 对于RNA-seq而言,由于技术误差,测序深度不同,基因长度不同,为了能够比较不同...