原文在深度总结了RNA-seq这些年的同时,还分享了文中一些名词的解释,编译分享如下,希望有助于进一步理解学习。 Read depthRead深度:一个样本测序得到的reads数;容易和基因组测序的覆盖度 (多少基因组区域被测到了)和测序深度混淆 (单个核苷酸被测到的次数或所有核苷酸被测到的平均深度)。 Short-read短读长:测序得到...
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原文在深度总结了RNA-seq这些年的同时,还分享了文中一些名词的解释,编译分享如下,希望有助于进一步理解学习。 NGS基础 - FASTQ格式解释和质量评估 NGS基础 - 高通量测序原理 NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件 NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换 NGS基础 - 测序原始数据下载 Read depth Read深度:一个样本测...
(1)待测序的序列结构:使用第二代测序仪(illumina)进行测定的序列,无论是来自DNA-seq文库还是RNA-seq文库,自左向右划分为3个区:5’接头区(Adapter)、目标序列区(Insert)和3’接头区(Adapter)。 引自参考文章 (2)单端测序 vs 双端测序:单端测序(single-end)测序指的是从read1开始测,双端测序(pair-end)指的...
Long-read长读长:测序得到的超过1000 bp的reads,本文中代表全长或近乎全长的mRNA。 Direct RNA sequencing(dRNA-seq): 直接测序RNA而非cDNA的测序技术,通常用于测序全长或近全长的mRNA 。 Multi-mapped reads多重比对的reads:从转录组同源区域测序得到的reads,不能精确确认其转录本或基因组的来源。
Long-read长读长:测序得到的超过1000 bp的reads,本文中代表全长或近乎全长的mRNA。 Direct RNA sequencing(dRNA-seq): 直接测序RNA而非cDNA的测序技术,通常用于测序全长或近全长的mRNA 。 Multi-mapped reads多重比对的reads:从转录组同源区域测序得到的reads,不能精确确认其转录本或基因组的来源。
现在,RNA-seq用于研究RNA生物学的许多方面,其中包括单细胞基因表达、翻译(翻译组,translatome)和RNA结构(结构体,structurome)。其它的应用也在开发中,例如 空间转录学(Spatialomics)。加上新的长片段 (long-read)和直接RNA-seq技术以及用于数据分析的更好的计算工具的整合,RNA-seq技术的创新有助于人们更全面地...
Long-read长读长:测序得到的超过1000 bp的reads,本文中代表全长或近乎全长的mRNA。 Direct RNA sequencing(dRNA-seq): 直接测序RNA而非cDNA的测序技术,通常用于测序全长或近全长的mRNA 。 Multi-mapped reads多重比对的reads:从转录组同源区域测序得到的reads,不能精确确认其转录本或基因组的来源。
基因表达/ RNA 表达谱–编码的转录组定量研究通常需要较短的单端测序(通常为50–75 bp),以最大程度减少跨剪接点的read。 转录组分析–为了更完整地覆盖转录本并检测出新的变异或剪接位点,新的转录组拼接和注释项目往往会受益于更长的双端测序(例如2 x 75 bp或2 x 100 bp)。使用Stranded RNA-Seq library pr...
确定合适的读取深度(Determining the optimal read depth) 一旦文制备好,就需要决定对它们进行多深的测序。读取深度指的是,每个样本获得的测序读长的目标数目。对于真核基因组中的常规RNA-seq DGE分析来说,一般认为每个样本需要100万-300万条读长(也就是我们常说的10M到30M数量)。但是,在多个物种中的实验结果显示...